메이쿠몬의 폭주와 리부트. 타이치와 선택받은 아이들은 괴로워하는 메이코를 두고 디지털 월드로 향한다. 그러나 그 곳에서 다시 만난 짝꿍 디지몬들은 아이들을 기억해내지 못하고 선택받은 아이들은 다시 한 번 그들과 친해지려 노력한다. 그러나 자신보다 남을 먼저 생각하는 소라의 상냥한 성격을 보고 더 경계하는 피요몬에 상심하는 소라를 위로할 말을 찾지 못한 타이치(태일)와 야마토(매튜). 괴로워 하는 이들 앞에 갑자기 슬퍼하는 메이쿠몬이 나타난다. 어째선지 원래의 기억을 가지고 있는 메이쿠몬은 메이코를 찾기까지 하는데.. 그 모습을 보고 아이들은 메이쿠몬을 구하기 위해 디지털 세계를 여행할 것을 결심한다. 그리고 그들 앞에 어둠의 사천왕을 거느리는 그 남자가 모습을 나타낸다. 한편, 현실 세계의 니시지마는 히메카와의 실종소식을 듣게 되고 그 배후를 조사하다가 히메카와의 목적이 숨겨져 있음을 파악한다. 두 사람의 운명을 결정 지은 과거의 사건과 연관되어 있었는데… 지금, 다시 모험이 진화한다.

디지털 월드로 통하는 게이트가 원인도 모른 채 닫혀 버린지도 대략 1년이란 시간이 흐르고, 이른바 ‘선택받은 아이들’도 훌쩍 커서 타이치가 고등학교 2학년이 되었다. ‘선택받은 아이들’도 각자의 바쁜 생활에 쫓기며 서로 만나는 일도 점점 줄어들고 있던 가운데, 어느날 도심 한가운데 쿠와가몬이 나타나 날뛰기 시작한다. 날뛰는 쿠와가몬을 막기위해 홀로 아수라장으로 뛰어든 타이치. 그러나 아구몬 없이 혼자서는 역부족이라는 것을 깨닫고 위기에 빠지는 순간, 아구몬이 나타나 타이치를 구해준다. 힘을 합쳐 쿠와가몬을 막아내고 디지몬과 선택받은 아이들이 한자리에 모두 모이며 재회의 기쁨을 나누는 것도 잠시, 의문의 단체가 그들에게 접근해 오는데...

"일본에 돌아가면, 꼭 따뜻한 온천에 몸을 좀 담가보고 싶었어!" 소리치는 미미(미나). 새로운 친구 메이코 모치즈키와 메이코몬을 환영하기도 할 겸 선택받은 아이들은 근처 온천으로 향한다. 모두가 즐거운 시간을 보내지만 끝내 조(정석)는 모습을 보이지 않는다. 조(정석)는 대학입시라는 현실과 선택받은 아이들이라는 운명 사이에서 갈등하며 괴로워하고 있었던 것이다. "왜 또 우리가 이 일을 해야만 하는거지?" 그때, 감염된 디지몬이 오다이바에 등장하여 난동을 부리고, TV 중계를 접한 미미(미나)와 팔몬은 그 즉시 움직이기 시작한다. "사람들에게 착한 디지몬들도 있다는 걸 보여주자!" 미미(미나)와 팔몬은 코시로(한솔)의 만류도 무시하고 행동에 나섰지만 예상치도 못한 결과와 맞닥뜨리게 된다. 조(정석)와 미미가 각각 자신만의 갈등에 빠져 고민하는 가운데, 츠키시마 고등학교의 축제날, 누군가가 그들의 앞에 나타나는데...

대학생 타이치와 다른 '선택받은 아이들'은 모두 각자의 자리에서 저마다의 삶을 살아가고 있다. 그러던 어느 날, 전 세계의 '선택받은 아이들'에게 의문의 사건이 일어나기 시작한다. 에오스몬이라 불리는 디지몬에 그 원인이 있음을 알게 된 타이치 일동은 에오스몬을 제압하려 하지만 이내 아구몬을 비롯한 디지몬들의 진화에 문제가 발생하는데… 세상의 이변에서 다시 한 번 친구들을 구할 수 있을까?