진실을 찾는 여정에 한 걸음 더 접근하게 된 네오. 그러나 그 와중에 능력을 소진하고 매트릭스와 현실세계의 중간계를 떠돌게 된다. 한편 기계들이 인간말살을 목적으로 인류 최후의 보루 시온으로 침공해오자 인간들은 인류의 미래를 지키기 위해 필사적인 전투를 벌인다. 그러나 베인의 몸 속에 침투한 에이전트 스미스가 본 모습을 드러내면서 네오에게는 예기치 못한 변수가 생긴다. 매 순간 세력이 커져가면서 기계들의 통제권까지 벗어난 스미스는 현실 세계와 매트릭스는 물론 기계도시까지 말살할 야욕을 불태우고, 오라클은 네오에게 마지막 조언을 건네는데...

어릴 때 뇌염을 앓은 레너드(Leonard Lowe: 로버트 드니로 분)는 11살 때부터 손이 떨리는 증세가 나타나고 글도 쓰지 못하게 되자 학교를 그만두고 병원에서 살게 된다. 정신은 잠들고 근육은 강직된 후기뇌염 기면성 환자가 된 것. 레너드가 수십년간 수용돼 있는 배인브리지 병원에 세이어 박사(Dr. Malcolm Sayer: 로빈 윌리암스 분)가 부임해 온다. 세이어 박사는 이들이 공을 받아내는 것을 보고 내면은 살아있다고 확신한다. 그리고는 그들의 정신을 일깨울 수 있는 것을 찾는다. 환자의 이름을 부르거나 음악을 들려주거나 인간적인 접촉을 갖는 것 등. 마침 그때 파킨슨병 환자에게 엘도파라는 약이 효과가 있다는 발표를 듣고 세이어는 이들의 증세가 그 병의 증세와 비슷하다는 점에서 힌트를 얻어 약물치료를 할 생각을 하게 된다. 부작용을 염려한 병원측에서는 레너드에게만 투약해보라고 허락해 준다. 엘도파를 투약받은 레너드에게 기적이 일어난다. 깨어나 말도 하고 글도 읽고 맘대로 움직일 수 있게 된 것. 삶의 환희를 맛본 레너드는 세이어 박사에게 일상적인 삶과 사랑의 소중함을 역설하는데. {세이어 박사와 그의 동료들은 뇌염 후유증을 앓는 환자들을 치료를 위한 약물 투여를 계속하고 있다. 레너드와 다른 환자들은 일시적으로 깨어났지만, 1969년 그 해 여름만큼 놀라운 기적만큼은 다시는 일어나지 않았다. 세이어 박사는 브롱크스에 있는 만성질환자 병원에서 진료를 계속하고 있다.}

8살 소년 필립 페리(Phillip Perry : T.J. 로더 분)는 홀어머니 슬하에서 엄격하고도 비정상적인 교육을 받으며 자란다. 어머니는 '여호와의 증인'의 독실한 신자로 아들 필립에게 크리스마스나 생일 파티, 할로윈 카니발에 참가하는 것조차 금지한다. 필립은 다른 아이들처럼 평범해 보는게 소원일 뿐이다. 그 무렵, 버치 하인즈(Butch Haynes : 케빈 코스트너 분)가 동료 죄수 제리와 함께 감옥을 탈출한다. 버치 역시 아버지가 누구인지 모르는 어두운 과거를 가지고 있었고 이 과거는 그를 폭력적인 인물로 만들어버려서 청소년기에 이미 범죄자가 되었다. 탈옥수가 되어 도망하던 도중 필립의 집에 숨게 되고, 소년에게서 어릴적 자신의 모습을 발견한다. 버치는 필립을 인질로 삼아 도피하던 도중 소망해왔던 완전한 세상을 보게 되는데, 그것은 바로 아버지와 아들의 소원 목록을 만들고, 드라이브를 하고, 할로원 의상을 선물하는 평범한 삶을 누리는 것이다. 부정에 매말랐던 둘은 탈옥수와 인질이라는 세상의 판견을 뒤로하고 서로의 상처를 보듬는 친구요, 아버지와 아들이 되어 텍사스를 가로지르며 오랫동안 필요로 했던 상처를 치유하게 되는데...

흑인 청년인 케니 커크란드는 음악 창조에 탁월한 능력을 가지고 있지만 기본적인 작업환경도 갖춰저있지 않아서 기회를 엿보면 DJ생활을 하고 있다.형은 깡패와 싸우다 죽고, 엄마와 브레이크 댄스를 잘 추는 동생 리와 함께 살고 있는 케니는 자칭 매니저로 나선 수다꾼 챨리의 주선으로 결국 스타덤에 오른다. 그러면서 케니처럼 현대 음악을 작곡하고 대학에서 교편을 잡고 있는 트레이시와 사랑에 빠지게 된다. 전철이나 벽에다 낙서가 아닌 예술 작품을 그려 도시 환경을 아름답게 만들겠다는 케니의 친구 레이몬은 친구들 외에는 인정해 주지 않는 외로운 예술가이다. 아버지의 구박과 카르멘과 결혼하지 않고 낳은 아들과 살 집이 없어 친정에 맡겨 놓고 있어 고민하다, 친구들의 도움으로 빈 아파트를 수리하고 취직을 해서 생활인으로 전환한다. 그러다가, 새로 나온 하얀 새 전철에 그림을 그리다가, 전부터 자신을 그림에 낙서를 하던 스핏을 발견하고 쫓다가, 격투 끝에 그와 감전으로 사망한다. 케니는 레이몬의 작품을 전시하고 그를 추모하는 음악회를 열어 성공리에 끝내고, 아들이 전철이나 벽에 낙서나 한다고 생각하던 케니의 아버지도 죽은 아들이 남긴 그림을 보고는 감탄하고는 후회한다.

TV코미디 프로의 아역스타로 화려하게 출발해 미국인의 사랑을 받으며 성장한 마이클 채프먼. 31살이 되버린 지금은 재능이라곤 털끝만치도 없는 아역 배우들을 소개해주는 3류 탤런트 대행사를 형 에드와 어렵게 꾸려나가고 있었다. 날이 갈수록 궁지에 몰린 마이클은 마지막 히든 카드로 쿠키 광고에 출연시킬 천사같은 아이 찾기에 나선다. 그러던 어느날 마이클은 소매치기 소년 앤지로부터 천부적인 연기재능을 발견한다.

셜리 맥코이는 투자전문가로 맨해턴의 고급 아파트에서 부인과 어린 딸과 살고 있으나 그는 정부 마리아와 사랑을 나누는 사이이다. 어느날, 길을 잘못 들어 갔다가 장애물을 그가 치우는 사이 마리아가 운전하던 그의 차에 흑인 소년이 치어 사망하는 사건이 발생한다. 피터 팰로우라는 저널리스트는 이 사건의 뒤를 추적하고 흑백 인종 문제를 잘 이용하여 시장선거에서 당선되려는 지방검사 웨이스 또한 이 사건에 관심을 갖는다. 결국 차번호 추적으로 맥코이는 법정에 서게 되고 정의로운 흑인 판사 화이트의 판결과 마리아와의 대화를 녹음한 테잎으로 마리아의 거짓 증언을 반복하고 재판에 승리한다. 피터는 이 사건의 재빠르고 정확한 보도로 플리처상을 수상하고 유명 인사가 된다.

도심의 한 고등학교에서 졸업생이 학교를 고소한 소송 사건이 일어나 선생님들이 증언석에 앉게 되는 불미스러운 일이 일어난다. 이 학교의 사회 선생, 알렉스는 학생들을 사랑으로 보살피고 진심으로 교육하는 15년 경력의 선생님. 진정한 스승을 찾기 어려운 오늘날의 각박한 교육 현실을 신랄하게 꼬집으며, 그 속에서도 바른 사도의 길을 고수하는 알렉스 선생님의 존재가 아름다운 감동으로 마음에 다가오는 영화다. 문제의 소송은 이 학교 졸업생이 학교를 졸업했음에도 불구하고 읽고 쓰기조차 못함에 따라 학교측에 책임을 묻는 것. 역시 이 학교의 졸업생이면서 원고측 변호사인 리사가 학교에 찾아온다. 학창시절 알렉스 선생님으로부터 바른 교육의 영향을 깊게 받았던 리사는 교육적으로 많은 문제점들을 안고 있는 부조리한 오늘날의 학교 현실을 간파하고 이 소송을 통해 학교를 변화시키려고 안간힘을 쓴다. 반면, 이사장, 교장 이하 모든 선생님들은 학교의 치부를 드러내지 않기 위해 반교육적이었던 그들의 과오를 인정하지 않는 증언으로 일관해 리사를 곤혹스럽게 한다. 진정으로 아이들을 염려하며 또 교육하기 위해 동분서주하던 알렉스는 학교측과 사사건건 부딪치게 되고, 학교측은 결국 그에게 강제 사직서를 내도록 종용한다. 그를 내쫓으려는 동료 교사들에 실망하고, 혼자만의 힘으론 학생도 교육도 결코 변화시킬 수 없다는 좌절감으로 교직을 떠나려는 알렉스. 그러나 타고난 교사인 알렉스의 신념과 능력을 믿고 그를 사랑하게 된 리사의 강력한 호소로 다시 마음을 돌린다. 그를 지지하며 환호하는 학생들의 물결에 쌓여 알렉스는 학생과 학교를 살리기 위한 필사의 투쟁을 할 것을 선언한다.

말콤X(덴젤 워싱턴)는 젊은 시절에는 말콤 리틀이라는 본명을 가진 그저 그런 뒷골목 흑인 건달이었다. 약물을 이용해 곱슬거리는 머리를 펴고 백인처럼 굴고 싶어하던 말콤은 돈을 위해 마약 밀매에 관여하다 경찰에 체포된다. 말콤은 감옥 안에서 비로소 이슬람교의 교리와 흑인 인권 사상을 접하고 스스로 이름을 말콤 X로 바꾼다. 흑인의 잃어버린 뿌리를 찾을 때까지 성을 'X'라고 정한 것이다. 마틴 루터 킹 목사와 달리 보다 급진적인 흑인 인권 운동을 주장하던 말콤 X는 차츰 적이 늘어나고 결국 연단에서 암살당한다.