서기 1996년, 미국과 소련의 냉전이 계속되는 가운데 양국의 과도한 군비 경쟁으로 인해 과학기술이 비약적으로 발전하여 인류는 화성까지 진출한다. 한편, 국제연합이 주최한 코스믹 컬쳐 클럽(우주체험교실)의 일원으로서 화성기지에 방문한 학생들은 정체불명의 외계 집단 그라도스 제국군의 기동병기 SPT(Super Powered Tracer)의 습격을 받는다. 위기에 빠진 소년 소녀들은 푸른 SPT 레이즈너의 파일럿인 알바트로 나르 에이지 아스카라는 소년에게 구출받게 되고, 에이지는 그들 앞에서 충격적인 사실을 밝히게 된다.

우주정복을 노리는 더 붐군은 라도리오 별을 침공. 라도리오 별의 로미나 공주는 이가 닌자의 전설을 찾아 라도리오 별을 구하기 위해 전함 엘샹크로 지구로 온다. 서력 2200년대의 지구에서는 인류는 달과 화성에 이주를 시작한 상황. 화성에 사는 소년 죠 마야는 더 붐군과 엘샹크의 전투를 목격하고, 엘샹크에 잠입한다. 그리고 엘샹크에 있는 로봇 흑자사로 더 붐군과 싸우게 되지만 고전. 그때 닌자의 모습을 하고 나타난 수수께끼의 로봇 토비카게가 흑사자와 합체해 압도적인 힘으로 더 붐군을 물리치는데...

가까운 미래, 지구는 큰 전쟁으로 폐허가 되고, 지구 최후의 인간일지도 모르는 소녀 하루카는 로봇 동료 5명과 함께 살아가고 있다. 전쟁이 끝나지 않는 전투 기계들의 끊임없는 공격과 폐허 속에서 하루카는 삶의 방식을 찾기 위해 싸우고, 다른 생존자를 찾기 시작한다.

서기 2801년 인류는 지구를 탈출하여 알테바단계의 제2행성 테모리아로 이주하여 은하연방의 성립을 선포하고 그해를 우주력 1년이라 명명한다. 그러나 우주력 310년에 루돌프 폰 골덴바움이라는 독재자가 등장하면서 우주는 은하제국이라는 제국으로 바뀌게 되고, 황정의 독재에 반발하던 민주주의 지지자들은 결국 대거 탈주하여 이젤론 회랑을 사이에 둔 새로운 성계에 자유행성동맹을 세우게 된다. 은하제국과 자유행성동맹은 워낙 먼 거리와 지리적인 요소 때문에 서로에게 큰 간섭을 하지 못하고 각자 독자적으로 세력을 키워 왔으나, 전 우주를 자신의 발 아래 두겠다는 야심에 가득찬 젊은이 라인하르트로 인해 은하제국과 자유행성동맹, 그리고 자치지구 폐잔까지 휘말리는 격렬하고 기나긴 전쟁은 그 막을 올린 것이다.

배경은 1987년, 지구인을 멸망시킬지에 대해 긴 세월에 걸쳐 조사한 천사들은 지구인들의 무수한 죄악과 만행에 의해 지구가 약해지는 것을 보다못해 멸망시키려 한다. 날개도 머리도 검은 돌연변이 천사, 치하야는 지구인을 구하기 위해 플러스 조사원으로 자원하여 마이너스 조사원인 하얀 상급 천사, 카게츠야와 함께 지상에 내려간다.

배경은 독일을 중심으로 한 체코 등 일부 중부 유럽. 출세와 의사로서의 양심 사이에서 갈등하다가 의사로서의 양심을 택하면서 살려낸 소년 요한이 알고보니 아무렇지 않게 살인을 하는 몬스터였다는 사실을 알고서 좌절함과 동시에 그를 죽이기 위해 여행을 떠나는 일본인 의사 텐마의 여정이 주요 스토리.

우주력 8세기 말’의 먼 미래. 무중력 공간을 가로지르는 위풍당당한 전함들, 난공불락의 우주요새. 행성과 행성을 넘나드는 초광속 워프항법이 일상화된 이 시대에도 인류는 사상과 정치의 틀로 편을 가르고 어리석은 전쟁을 되풀이하고 있다. 복고적인 게르만풍 절대왕정체제를 부활시킨 ‘은하제국’과, 은하제국에 반기를 든 민주공화주의자들의 연맹인 ‘자유행성동맹’의 양보할 수 없는 싸움이다. 그러나 그 싸움에도 전환기가 찾아오는데, 바로 은하제국의 젊은 야심가 라인하르트 폰 로엔그람과 자유행성동맹의 천재 명장 양 웬리가 등장한 것이다. 두 영웅의 등장으로 인류 역사는 빠르게 가속하기 시작한다.