포드 브로디는 어렸을 때에 일본 내 원자력 발전소에서 방사능 피폭사고로 어머니를 잃는다. 15년 후 포드의 아버지 조는 사고의 원인이 자연재해가 아닌 다른 것이라고 믿고 계속해서 조사를 하지만 금지구역에 들어갔다가 결국 포드와 함께 붙잡히게 된다. 비밀 연구소로 옮겨진 그들은 정부가 감추고 있던 괴생명체의 고치를 보게 되고, 때마침 고치에서 부화한 무토는 그곳을 빠져나가 인간들의 도시를 파괴하며 난동을 부리기 시작한다. 한편 무토가 뿜어내는 신호를 듣고 거대한 괴수가 쓰나미를 일으키며 나타나는데...

밤마다 모든 것이 살아나는 뉴욕 자연사 박물관. 야간 경비원 ‘래리’(벤 스틸러)는 대통령 ‘테디 루즈벨트’(로빈 윌리엄스), 카우보이 ‘제레다야’(오웬 윌슨), 말썽꾸러기 원숭이 ‘덱스터’ 등 매일 밤 살아나는 전시물들과 함께 판타스틱한 박물관 재개장 전야 이벤트를 개최한다. 하지만 점차 마법의 기운을 잃어 가는 황금석판으로 인해 다시는 살아나지 못할 위기에 처한 그들은 황금석판의 비밀을 밝혀내기 위해 영국 런던 대영박물관으로 향하는데...

애인의 아이를 임신해 시애틀을 찾은 그녀, 쟈쟈. 막무가내에 철 없는 여자처럼 보이지만 사실 그녀는 국가로부터 출산 허가를 받지 못해 아이를 낳기 위해 홀로 시애틀을 방문한 것이다. 운전기사 프랭크의 도움으로 힘겹게 산후조리원에서 머물게 되지만 애인으로부터 연락은 오지 않고 낯선 곳에서 빈털터리가 된 쟈쟈는 궂은 일을 해가며 돈을 모으기 시작한다. 그녀의 배는 점점 불러오지만 애인에게서는 계속해서 소식이 없고, 쟈쟈는 불안 속에서 외로운 시간을 보낸다. 문득, 곁에서 자신을 도와주는 운전기사 프랭크로부터 따뜻한 위로를 받고 있다는 것을 깨닫게 되는데… 아이를 지키기 위해 떠나왔지만 더 많은 것을 잃을 위기에 처한 쟈쟈와 사랑에 실패했던 아픈 상처가 있는 프랭크, 두 사람의 조심스러운 로맨스가 시애틀에서 펼쳐진다.