가장 강한 정보요원만을 관리하고 있는 버지니아주 NSA 지하본부가 정체불명의 테러집단에 의해 전멸당하는 상황이 발생한다. 일찍이 볼 수 없었던 대담한 공격에 커다란 위협을 직감한 기븐스(사뮤엘 잭슨)은 테러집단의 배후를 캐내기 위해서는 기존 요원보다 훨씬 강하고 독자적인 임무수행이 가능한 새로운 트리플X가 필요하다는 사실을 절감하고 누군가를 찾아나서는데... 새로운 트리플X 코드를 부여받은 후보자는 상관의 잔인한 명령에 불복종한 혐의로 정예 네이비씰에서 9년째 감금상태에 처해있는 다리우스 스톤(아이스 큐브). 일방적인 명령은 거부, 자신만의 방식으로 임무를 해치우던 다리우스는 테러공격은 미끼였을 뿐, 항공모함과 스텔스탱크 등 신무기를 총동원한 사상 최초의 국가전복 음모가 착착 진행되고 있다는 사실을 알게 되는데...

싸이렌이 온 거리를 울려 퍼지며 요란한 추격씬이 벌어지는 도중 한 녀석이 콜벳를 몰고 다리를 돌진, 200미터 높이에서 자동차 번지를 시도한다. 짜릿한 곡예를 선보인 후 낙하산을 펴고 유유히 사라지는 녀석의 이름은 '젠더 케이지'. 인터넷에 생방송된 이 장면은 전세계 네티즌들에게 열렬한 환호를 받는다. 또 한 번의 멋진 프로젝트로 영웅 대접을 받는 젠더 케이지. 그러나 파티가 무르익을 무렵, 갑자기 들이닥친 특수부대는 그에게 신경 안정제를 쏜 후 잠들게 한다. 깨어난 곳은 알 수 없는 레스토랑. 어리둥절한 그 곳은 갑자기 강도들의 침입장으로 돌변하고, 단숨에 상황을 정리해버린 그에게 기븐스가 축하 인사를 전한다. 미국 비밀첩보국 NSA의 1차 테스트를 통과한 것. 이후 또 다시 잠에서 깨어난 곳은 비행기 안. 2번째 테스트로 콜럼비아 마약 밀매상의 아지트에 던져진 젠더 케이지. 때마침 콜럼비아 정부와 마약상들의 충돌로 아수라장이 된 그곳에서 살아남기 위한 치열한 전쟁이 펼쳐지는데... 상황종료 후 유유히 나타난 기븐스는 NSA의 테스트를 유일하게 통과한 그에게 비밀요원이 되어줄 것을 부탁한다. 단 그렇지 않을 경우는 감옥행뿐이라는 단서를 둔다. 젠더 케이지의 코드명은 트리플 X. 첫번째 임무지는 비밀요원의 무덤이라는 별칭을 가지고 있는 도시 프라하. 이제 얼떨결에 비밀요원이 되어버린 트리플 X의 위험한 여정이 시작되는데.

UN 평화유지작전의 일환으로 1993년 동아프리카 소말리아의 수도 모가디슈에 파견된 최정예 미군 부대원들이 소말리아 민병대에 의해 공습당하면서 19명의 사상자를 낸다. 당시 소말리아에는 UN이 제공하는 구호식량을 착취할 목적으로 동포를 굶어 죽이는 민병대장이 전횡을 휘두르고 있었고, UN은 정예부대를 파견해 민병대장의 두 최고 부하를 납치하려다 실패한다. 무적의 전투헬기 블랙 호크 슈퍼 61과 블랙 호크 슈퍼 64가 소말리아 민병대에 의해 격추당하고, 제임스 장군은 단 한명의 생존자도, 단 한점의 살점도 남기지 말라고 명령, 최후의 순간까지 자존심을 건 전투를 펼치는데...