2차 세계대전 당시 일본군의 황금을 찾아 벙커로 사용된 폐광을 찾아 나선 보물 사냥꾼들. 하지만 의문의 공격을 받고 벙커 안에 갇히게 된 뒤, 그 벙커가 당시 일본 731부대가 사용하던 벙커임을 깨닫는다. 이제 출구를 찾기 위해 더 깊은 곳으로 들어가야 하는데...

2031년, 식량이 부족하고 정부의 통제를 받는 미래. 대통령 탄핵과 함께 권력을 잡은 해병대 출신의 앙가는 피라나스 정부의 의원으로 승승장구하며, 분리주의단체 ‘리폼’을 뿌리 뽑을 작전을 내놓는다. 작전을 수행하려던 중 수상한 드론을 쫓다 리폼의 본거지로 끌려간 앙가는 그곳에서 실종된 약혼녀 사리와 마주치게 되고 반역자로 몰리며 공격을 받게 된다. 앙가는 자신의 명예와 약혼녀를 구하기 위해 다섯 명의 전우와 함께 끝을 알 수 없는 작전을 준비하는데… 첨단 장비로 무장한 피라나스 정부와 그에 맞서는 여섯 영웅의 목숨을 건 전투가 시작된다!

킬러들의 세계에서 이름을 날렸던 전직 최고의 암살자 ‘라이언’(폴 오브라이언)은 인도네시아의 외딴 섬에서 여유 있게 은퇴 후의 삶을 살아보려고 한다. 그는 곧 동네 소년 ‘도니'와 친해지고 그 가족과도 가까워지며 평화로운 나날들을 보낸다. 그러던 어느 날 해적과 깡패들에 의해 도니와 그의 가족들이 고통 받게 되고, 이를 옆에서 지켜보던 라이언은 잘못된 것을 바로잡기 위해 마지막 미션을 수행하려 한다.

자신의 모습을 감추고 오랜 시간 지구를 위협해 온 외계인을 감시하는 MIB 본부. MIB 본부에도 변화가 요구되면서 신입요원 에이전트 M이 영입되고 MIB 에이스 요원 에이전트 H가 듀오로 결성 된다. 그들에겐 MIB 내부의 스파이를 찾아야 하는 전대미문의 미션이 주어지는데…