저주의 주술로 인해 공사장에서 H빔에 머리가 박살나는 여자의 죽음으로 영화는 시작된다. 어두운 과거와 비밀을 간직한 신비로운 소녀 쿠로이 미사가 어떤 학교에 전학을 오게되는데... 그 학교를 중심으로 별모양의 장소들에서 사람이 죽는 사건이 발생한다. 학생과 레즈비언 씬을 연출하는 담임선생이라든지, 여학생들을 희롱하는 변태 선생, 마법이나 주술에 관심이 많은 왕따 녀석... 등등 학교의 분위기 심상치 않다. 사실 쿠로이 미사는 흑마법을 쓰는 악의 세력으로부터 학교를 보호하기 위해 전학을 온 것이었는데 영화속에 나오는 주술 역시 흑마법 계통으로 악마 소환 의식이나 부두교의 주술 인형 등이 나온다. 쿠로이 미사는 학교내 누군가가 저주의 주술을 걸고 있다고 느끼고 학교를 조사하던 중에 같은 반 아이들의 마법 의식에 동참하게 되고... 시험을 보던 어느날 쿠로이 반의 13명의 아이들이 저주 주술에 걸려 학교에 갇히게 된다. 급우들이 한 명씩 처참한 죽음을 맞이하며 칠판에 쓰여진 숫자가 지워지는 등... 학교에 누군가의 저주가 걸리게 된다. 하지만 어찌된 일인지 쿠로이 미사의 마법이 학교내에서 힘이 약해지고... 마지막에 드디어 악당의 정체가 드러나며, 악당은 자신의 목적인 루시퍼를 소환하는데...

모토미야 아카네는 본래는 평범한 여고생이었지만, 모종의 이유로 이세계 쿄로 소환된 뒤, 쿄를 오니 일족으로부터 구하기 위한 존재인 용신의 무녀가 되었다. 처음에는 이런저런 일이 많았지만 현재는 용신의 무녀로서 자신을 자각한 아카네는 쿄의 사람들을 두려움에 떨게 만드는 '원령'퇴치에 힘 쓰고 있었다. 하지만 막상 '원령'퇴치를 하는 것은 아카네 주변에 있는 팔엽들, 아카네 본인은 무엇을 해야할지 고민스러웠다. 이런저런 고민을 하던 아카네는 갑자기 내린 빗 속에서 한 청년과 만나고 짧은 만남을 가지게 된다. 그 무렵 타치바나노 토모마사와 에이센은 쿄의 평안을 비는 봉납무를 올리기 위한 무대의 건설 현장을 바라보고 있었다. 황제의 명령으로 몇 번이나 무대를 지었지만 그 때마다 불타버리고 봉납무를 올리지 못하는 저주와 같은 상황을 보면서, 후지와라노 토모미치는 원령이 깃들었다는 세간의 소문을 고려해 아베노 야스아키에게 이를 해결해달라는 의뢰를 한다. 그리고 이를 듣던 토모마사와 에이센은 과거의 불길한 사건에 대해 회상한다.

대학생 타이치와 다른 '선택받은 아이들'은 모두 각자의 자리에서 저마다의 삶을 살아가고 있다. 그러던 어느 날, 전 세계의 '선택받은 아이들'에게 의문의 사건이 일어나기 시작한다. 에오스몬이라 불리는 디지몬에 그 원인이 있음을 알게 된 타이치 일동은 에오스몬을 제압하려 하지만 이내 아구몬을 비롯한 디지몬들의 진화에 문제가 발생하는데… 세상의 이변에서 다시 한 번 친구들을 구할 수 있을까?

모험의 날로부터 10년이 지난 2012년. 선택받은 아이들과 파트너 디지몬은 변함없는 우정을 지켜왔다. 그러던 어느 날, 도쿄 상공에 나타난 디지몬 알이 전 세계로 메시지를 보낸다. 전 세계가 주목하는 가운데, ‘산해’와 친구들 앞에 자신이 최초의 선택받은 아이라고 주장하는 ‘루이’가 나타나는데… 선택받은 아이의 탄생의 비밀에는 어린 시절 ‘루이’의 단 하나의 소원이 숨겨져 있었다. 과거와 현재, 그리고 모든 것이 연결될 때, 디지몬 사상 최대의 위기가 찾아온다! 지금, 어른이 된 선택받은 아이들의 새로운 모험의 문이 열린다!

인터넷 세상에 해파리처럼 생긴 디지몬 쿠라몬이 증식하기 시작한다. 아이들이 3년 전 쓰러뜨린 디아블로몬의 소행으로 보이는 쿠라몬 무리는 급기야 현실 세계까지 뒤덮으며 대혼란을 야기하는데...