작은 마을에서 노래한다고 꿈마저 작으란 법이 있나. 두 명의 가수가 세계 최대 규모의 노래 대회에 출전해 불꽃 같은 경쟁에 뛰어든다.

뉴욕의 하수구로 스며든 미스터리한 녹색 액체, ‘우즈’로 인해 아기 거북이 네 마리와 청년 쥐 스플린터는 사람과 비슷한 모습의 돌연변이가 된다. 15년 후, 10대 청소년이 된 레오나르도, 미켈란젤로, 라파엘, 도나텔로는 하수구에 숨어 사는 생활에서 벗어나 인간 세상에서 평범한 삶을 살고 싶어하고 우연히 만난 학생 기자 에이프릴과 함께 도시를 위협하는 '슈퍼플라이'와 그 일당을 물리치면 뉴욕의 히어로가 되어 당당히 세상에 나갈 수 있을 거라는 꿈을 꾸는데… 인간들을 모두 돌연변이로 만들겠다는 ‘슈퍼플라이’의 음모로 위험에 빠진 뉴욕! 틴에이저 히어로로 다시 태어난 ‘닌자터틀’ 형제들의 스트릿 액션 어드벤처가 펼쳐진다!

오래전 잃어버린 여동생 아델을 찾고 있는 피터가 시장에서 점술가를 만난다. 피터의 마음속에는 단 한 가지 질문밖에 없다. 동생이 아직 살아있을까? 점술가는 그에 대한 답으로 신비한 코끼리와 그 코끼리를 불러낼 마술사를 찾아야 한다고 말한다. 그 후로 불가능해 보이는 세 가지 과제를 완수하기 위해 험난한 여정에 오르는 피터. 이제 마을의 모습은 영원히 바뀌고, 피터에게는 일생일대의 모험이 펼쳐진다.

상상력이 풍부한 소년이 웃는 얼굴에 커다란 몸집을 가진 '어둠'이라는 새 친구와 함께 한밤중 잊을 수 없는 여행을 떠난다. 자신의 두려움에 맞서서.