매년 상어 떼가 지나는 길목에 어선이 있다. 상어를 잡는 배, 상어의 지느러미를 구하기 위해 그곳에 있다. 선장과 그의 고객이 거래를 하는 사이, 배는 폭풍에 휩싸이고, 상어가 가득한 바다에서 일어난 소용돌이는 상어도 같이 빨아들여, 상어가 가득한 허리케인이 된다. 선장과 선원 그리고 선장의 거래상대가 첫 희생자가 된 소용돌이는 엄청난 규모의 태풍이 되어 LA로 향하는데, LA에는 이 태풍을 심각하게 받아들이는 사람은 아직 아무도 없는데...

아스트로 X사의 활약으로 전 세계가 샤크네이도의 위협 없이 평화로운 날들을 보내던 어느 날, 라스베가스에서 또다시 불길한 기운이 감지된다. 샤크네이도는 바위, 모래, 석유, 불, 번개, 용암, 소, 우박과 결합해 더욱 더 강력해지고, 급기야 원자력까지 가세하며 온 인류를 위협하는데...

평화롭던 뉴욕 대도시. 갑작스런 이상기후가 감지되고 강한 폭풍우와 함께 식인 상어 떼가 나타나 인간을 공격하기 시작한다. 인정사정 없이 물어뜯는 식인 상어들이 수많은 관광객들이 모인 관광지를 덮치자 순식간에 피바다가 된 대도시. 처참하게 물려 뜯겨 죽어가는 사람들을 그냥 두고 볼 수는 없다! 뉴욕을 구하기 위해 핀(이안 지어링)과 에이프릴(타라 레이드) 나선다! 핀과 에이프릴은 절체절명에 처한 도시를 살릴 수 있을 것인가...?!

핀은 샤크네이도의 시간 이동을 통해 가족을 되찾고 모든 일의 근원인 최초 샤크네이도를 없애려 시간여행을 한다. 핀은 그런 모험 과정 속에 공룡, 중세 기사들, 서부 카우보이와 각종 상어들과 맞서게 된다. 샤크네이도를 멈추게 할 때가 드디어 온 것이다!

상어 전문가로 영국에 초청받은 핀은 노바로부터 급한 연락을 받고 그녀를 찾아간다. 핀과 노바는 고대 선조들의 비밀을 알게 되고 유물을 손에 넣지만, 균형이 무너지면서 상어 떼가 세상 밖으로 나온다. 한편, 길이 샤크네이도에 휩쓸려 날아가자, 핀과 에이프릴은 아들을 구하러 나서는데...

주인공 부부 핀과 에이프릴은 플로리다 올랜도로 여름휴가를 떠나기로 한다. 하지만 갑작스레 백악관 행사에 초대된 핀은 워싱턴에 남게 되고, 에이프릴은 친정어머니인 메이와 딸 클로디아와 함께 올랜도로 향한다. 한편 워싱턴에 거대한 폭풍과 함께 하늘에서 상어가 떨어지는 이른바 ‘샤크네이도’가 사람들을 공격하기 시작한다. 인정사정 없이 물어뜯는 식인상어들은 동부해안까지 상륙하고, 가족을 구하러 올랜도로 향하는 핀. 이전보다 강력해져 돌아온 샤크네이도의 공격에서 가족을 구하고 무사히 살아남을 수 있을까?