1453년 루마니아의 드라큘라 왕자(루크 로버츠)는 전장에서 싸우던 중, 신하들의 음모에 의해 어린 신부 에르즈베트를 잃고 만다. 분노하여 신에 대한 저항을 맹세한 드라큘라는 고통스러운 영혼으로 영원히 살아가는 저주를 받는다. 100년 뒤, 슬레이어 훈련생 알리나(켈리 웬햄)와 에스메는 성스러운 무기 ‘라이트브링어’를 반 헬싱(존 보이트)에게 전달하는 임무를 맡는다. 그 무기는 카인이 아벨을 죽인 것으로, 아벨의 후손인 드라큘라를 비롯한 밤의 괴물들을 물리칠 수 있는 유일한 도구. 알리나 자매는 도중에 도둑떼와의 소동을 겪은 끝에 반 헬싱에게 무기를 전해주지만, 드라큘라가 보낸 라스 부대의 공격을 받아 알리나가 포로로 붙잡혀간다. 드라큘라는 알리나가 에르즈베트의 환생이라 믿고 그녀에게 사로잡히는데...

은퇴를 선언한 세계적 지휘자 ‘프레드 밸린저’가 휴가를 위해 스위스의 고급 호텔을 찾는다. 그의 오랜 친구이자 노장 감독인 ‘믹’은 젊은 스탭들과 새 영화의 각본 작업에 매진하지만 의욕을 잃은 ‘프레드’는 산책과 마사지, 건강체크 등으로 무료한 시간을 보낸다. 이때 영국 여왕으로부터 그의 대표곡인 ‘심플 송’을 연주해 달라는 특별 요청이 전해지지만 ‘프레드’는 더 이상 무대에 서지 않겠다고 거절하는데…

15년 전 그날의 사건 이후 평범한 삶을 살 수 없었던 20대 여인 '우나'가 어느 날 50대가 된 남성 '레이'의 직장을 찾아간다. '레이'는 주변의 비난과 긴 재판의 고난 끝에 이름을 바꾸고 새로운 사람이 되어 안정된 삶을 살고 있었다. 15년 만에 만난 이들은 서로의 인생을 망가뜨린 과거의 기억을 꺼내 놓는다. 논란을 일으킨 이들의 어긋난 사랑, 그 진실이 밝혀진다!

마법 세계와 비마법 세계의 공존을 깨려고 했던 강력한 어둠의 마법사 겔러트 그린델왈드는 뉴트 스캐맨더와 미국 마법부 의회에 의해 붙잡혔지만, 유럽으로 이송하는 과정에서 탈출하고 만다. 그린델왈드의 탈출 목적은 프랑스 파리에 머무는 것으로 추정되는 크레덴스를 포섭해 자신의 수하로 삼는 것. 영국으로 돌아왔던 뉴트는 덤블도어 교수로부터 자신은 나설 수 없으니 그린델왈드에 맞서달라는 지령을 받고 역시 파리로 향한다. 뉴트의 친구들, 제이콥과 퀴니, 그리고 오러로 복귀한 티나도 순혈 마법사의 세력을 모아 마법을 사용하지 않는 사람들을 지배하려는 그린델왈드의 야욕을 막기 위해 파리로 향하는데...

1930년대, 제2차 세계대전에 마법사들이 개입하게 되면서 강력한 어둠의 마법사 그린델왈드의 힘이 급속도로 커진다. 덤블도어는 뉴트 스캐맨더에게 위대한 마법사 가문 후손, 마법학교의 유능한 교사, 머글 등으로 이루어진 팀에게 임무를 맡긴다. 이에 뉴트와 친구들은 머글과의 전쟁을 선포한 그린델왈드와 추종자들, 그의 위험한 신비한 동물들에 맞서 세상을 구할 거대한 전쟁에 나선다. 한편 전쟁의 위기가 최고조로 달한 상황 속에서 덤블도어는 더 이상 방관자로 머물 수 없는 순간을 맞이하고, 서서히 숨겨진 비밀이 드러나는데...