유령이 있다는 소문이 도는 파리의 오페라 하우스. 새로운 오페라 한니발의 리허설이 한창이다. 리허설 도중 또 다시 무대 장치가 떨어지는 사고가 발생하자 주인공인 칼롯타는 무대에 설 수 없다며 공연을 거부한다. 발레 감독인 마담 지리는 무용수인 크리스틴을 추천하고, 그녀는 모두의 우려와는 달리 멋지게 공연을 해낸다. 공연을 본 오페라 하우스의 새로운 재정 후원자 라울은 크리스틴이 어린 시절 소꿉 친구였다는 사실을 알아챈다. 공연을 축하하러 온 라울이 잠시 자리를 비운 사이 크리스틴은 하얀 가면으로 얼굴을 가린 팬텀에게 이끌려 거울 속 미궁으로 사라지는데...

빵 한 조각을 훔친 죄로 19년의 감옥살이를 한 장발장. 전과자라는 이유만으로 모두의 박해를 받던 장발장은 우연히 만난 신부의 손길 아래 구원을 받고 새로운 삶을 결심한다. 정체를 숨기고 마들렌이라는 새 이름으로 가난한 이들을 도우며 지내던 장발장은 운명의 여인, 판틴과 마주치고, 죽음을 눈앞에 둔 판틴은 자신의 유일한 희망인 딸, 코제트를 장발장에게 부탁한다. 그러나 코제트를 만나기도 전에 경감 자베르는 장발장의 진짜 정체를 알아차리고, 오래된 누명으로 다시 체포된 장발장은 코제트를 찾아 탈옥을 감행하는데…

1860년 파리 오페라 하우스. 새로운 극단주 앙드레와 피르맹, 그리고 후원자인 라울 백작은 '한니발' 리허설을 감상하는 가운데 갑자기 무대장치가 무너지는 사고가 발생한다. 사람들은 오페라의 유령이 한 짓이라고 수근대고, 화가 난 프리마돈나 칼롯타는 무대를 떠나버린다. 발레단장인 마담 지리의 추천으로 크리스틴이 새로운 여주인공을 맡게 되고, 공연은 대성공을 거둔다. 크리스틴은 축하객들을 뒤로하고 대기실에 혼자 남게 되는데, 거울 뒤에서 반쪽 얼굴을 하얀 가면에 가린 채 연미복 차림의 팬텀이 나타나 마치 마법이라도 걸듯이 크리스틴을 이끌고 미로같이 얽힌 지하 세계로 사라진다. 크리스틴의 실종으로 오페라 하우스는 일대 혼란에 빠지고, 팬텀은 극단주에게 자신의 요구에 응하지 않을 시 크리스틴도 돌려보내지 않고 큰 재앙을 내리겠다고 경고한다. 그러나 기회를 주겠다며 크리스틴을 돌려보낸 팬텀과 달리 극단은 그의 협상을 모두 무시하고, 오페라 하우스는 괴사건에 휘말리며 문을 닫기에 이른다. 한편, 지하세계에 끌려갔다 온 후 크리스틴은 팬텀의 공포에 날마다 시달리고 크리스틴을 위로하던 라울은 그녀와 사랑을 맹세한다. 이들의 대화를 엿들은 팬텀은 사랑과 질투에 싸여 복수를 결심하는데… 과연, 오페라 하우스와 팬텀에게는 어떤 비밀이 숨겨진 것일까?