죽을 날이 머지않은 황제 마르쿠스 아우렐리우스는 막시무스를 총애하여 아들이 아닌 그에게 권력을 넘겨주기로 한다. 황제의 아들 코모두스는 이에 질투와 분노를 느껴 황제를 살해한다. 왕좌를 이어받은 코모두스는 막시무스와 그의 가족을 죽이라고 명령한다. 가족을 모두 잃고 겨우 살아남은 막시무스는 노예로 전락하고, 투기장의 검투사가 된다. 그에게 남은 건 오직 황제 코모두스에 대한 복수 뿐. 검투사로서 매 경기마다 승리로 이끌면서 살아남자 그의 명성은 날로 높아 간다. 그러던 어느 날 오래 전 사랑했던 황제의 누이 루실라를 다시 만나게 되는데...

공화국으로부터 분리하려는 수백개의 행성연합은 은하계의 거대하고 새로운 위험으로 등장한다. 생명의 위협을 느끼는 아미달라 여왕의 신변 보호를 위해 아나킨과 오비완에게 경호 임무가 부여여된다. 공화국 수상 팰퍼틴의 야욕은 어마어마한 클론 군대를 비밀리에 양성하고, 오비완 케노비는 암살 의혹을 파헤치던 임무 중에 클론의 존재를 감지한다. 분리주의 세력과 공화국과의 걷잡을 수 없는 갈등은 마침내 거대한 전쟁을 불러오게 된다. 아나킨은 최고의 제다이 기사가 되고 싶은 욕망과 스승인 오비완과의 우정과 갈등, 여왕과의 사랑으로 갈등하는데...

클론 전쟁이 시작되었던 때로부터 3년이 지나고 팰퍼틴 의장과 제다이 사이의 불화는 더욱 커져 클론 전쟁은 더 이상 걷잡을 수 없게 격화된다. 자신이 제다이가 될 것임을 굳게 믿고 있던 아나킨은 제다이 기사 자격을 줄 수 없다는 기사단의 결정에 절망하고, 스승인 오비완과의 갈등은 더욱 깊어만 간다. 그런 아나킨에게 자신의 정체를 드러낸 팰퍼틴은 절대적인 힘을 갖게 해 주겠다며 그를 유혹하고, 아나킨은 점점 어둠의 힘에 이끌려 변해간다. 어둠의 세력에 완전히 장악 당한 아나킨은 자신에게는 아버지나 다름없는 오비완과 맞닥뜨리게 되는데...