10년 만에 후유키시에서 시작된 [성배전쟁]은 이 전쟁의 3대 가문인 마토 가문의 당주 마토 조켄의 참전으로 인하여 일그러지고, 뒤틀리고, 어긋나 버렸다. 마스터로서 싸움에 가담한 에미야 시로도 부상을 입고 서번트인 세이버마저 잃어버렸지만, 그는 마토 사쿠라를 지키기 위해 싸움에서 물러나지 않는다. 하지만 그녀 또한 마술사의 숙명에 사로잡히는데...

마술사 "마스터"와 영령 "서번트"가 모든 소원을 이뤄주는 「성배」를 둘러싸고 싸우는 「성배전쟁」이 벌어진 지 10년. 지난 「성배전쟁」의 참가자인 에미야 키리츠구의 양자, 에미야 시로는 그를 연모하는 소녀, 마토 사쿠라와 함께 평온한 나날을 보내고 있었다. 그러나 「성배전쟁」은 다시 시작되고 곳곳에서 벌어지는 살인사건으로 후유키 시는 불온한 기운에 휩싸인다. 시로는 사쿠라를 자기 집에 머물게 하기로 결정하고, 자신이 소환한 서번트인 세이버와 함께 마술사인 토오사카 린과 동맹을 맺고 「성배전쟁」에 나서기로 결심하는데... 하지만 이 싸움은 암약하는 자들에 의해 크게 일그러지기 시작한다.

마도카와 사야카, 쿄코 셋이서 학교에 등교했는데, 안경을 쓴 모습의 호무라가 전학생으로 들어오게 된다. 그녀도 똑같은 마법소녀였으며, 마미와 마도카, 쿄코, 사야카, 호무라 이렇게 5명의 마법소녀 콤비가 적과 맞써 싸우는데, 반역의 이야기에서는 마녀와 싸우는 것이 아닌, '나이트메어'와 싸우는 것이다. 나이트메어와 싸우며 행복한 일상을 보내는 중 호무라는 이 세계에 대한 위화감을 갖게 되었으며, 쿄코와 같이 미타키하라의 밖의 카자미노 시에 가보자고 제안을 했고, 카자미노 행의 버스를 몇번이고 반복해서 타지만, 도착한 곳은 카자미노 시가 아닌 미타키하라 시였다. 버스가 아닌 걸어서 카자미노 시에 가는 것도 시도해 보았지만 실패로 끝났다. 호무라는 쿄코에게 이 일에 대해 모두에게 비밀로 해 주었으면 좋겠다고 부탁했으며, 쿄코는 납득하지 못하는 듯 하였으나, 끝내 부탁을 받아들였다.

“후회하지 않기 위해, 다시 널 만나러 왔어” 산으로 둘러싸인 시골 마을, 그곳엔 꿈을 위해 쉼 없이 달려가는 자매 ‘아오이’, ‘아카네’ 그리고 ‘신노’가 있었다. ‘신노’는 함께 도쿄 상경을 약속했던 ‘아카네’를 찾아갔지만, ‘아카네’는 혼자 남을 동생 ‘아오이’로 인해 꿈을 접는다. 13년 후, 고등학생이 된 ‘아오이’는 언니에 대한 죄책감과 자신의 꿈 사이에서 방황하고 두 사람의 관계는 점점 멀어져 간다. 그러던 어느 날, 두 사람 앞에 다시는 만날 수 없을 것 같았던 ‘그’가 전혀 다른 모습의 두 사람이 되어 동시에 나타나게 되는데… “어째서 내게 다시 찾아온 거야?”

어느 때와 다를바가 없는 일상을 보내던 '메구미'일행의 앞에 발레 인형 '츠무기'가 나타나서 인형 나라로 초대한다. 그 곳에서 시라유키 히메는 상상 속의 왕자님을 만나게 되고, 프리큐어들은 인형 나라의 궁전에서 드레스를 입은 채 환영 파티를 즐긴다. 아이노 메구미는 자신들을 인형 나라에 초대해서 이렇게나 즐거운 시간을 보내게 해준 '츠무기'에게 감사의 인사를 하지만.. 사실 이 모든 것은 츠무기의 함정이었다. 프리큐어 필살기에도 쉽게 쓰러지지 않는 '사이아쿠'들과 프리큐어를 인형 나라로 데려온 '츠무기'의 속셈은?! 과연 프리큐어들은 이 난관을 극복할 수 있을 것인가?!

영화 프로듀서 "폼포 씨" 밑에서 제작 어시스턴트를 하고 있는 "진". 영화에 마음을 빼앗긴 그는 본 영화를 모두 기억하는 영화광이다. 영화 찍는 것을 동경했지만, 자신에겐 무리라고 생각하며 비굴해지는 매일을 보낸다. 하지만 "폼포 씨"에게 15초짜리 광고 제작을 맡으면서 영화 만드는 재미에 빠져들게 되었다. 그러던 어느 날, "진"은 "폼포 씨"로부터 다음 제작할 영화 「MEISTER」의 각본을 넘겨받는다.

거대한 전설을 넘어설 새로운 시대가 시작된다! 지켜야 하는 소중한 가치를 위해 닌자는 강해진다! 그리고 지금, 역대 최강! 사상 최대! 대격돌이 펼쳐진다! 오랜 세월에 걸친 전쟁이 끝나고 고도성장을 이룬 새 시대, 평화의 시대를 이끌고 있는 것은 전설이 된 7대 호카게 우즈마키 나루토다. 분신술로도 감당하지 못할 만큼 바쁜 나날을 보내는 중에 나뭇잎 마을에서는 다섯 마을 통합으로 개최되는 중급닌자 선발시험이 한창이다. 각 마을을 대표하는 3인 1조의 하급 닌자들! 사스케의 딸이자 나루토를 동경하는 사라다와 수수께끼를 지닌 우수한 닌자 미츠키, 그리고 재능을 갖췄으면서도 나루토를 망할 아빠 취급하는 보루토도 참가 중이다. 마을의 영웅이지만 너무나 바쁜 아버지가 늘 미웠던 보루토는 ‘나루토의 유일한 라이벌’인 사스케의 제자가 되어 아버지를 놀라게 하는데… 마지막 개인전이 치뤄지던 그 순간! 차크라콜렉터 모모시키와 킨시키가 나타나 나루토의 차크라를 노리며 공격해온다! 나루토는 필사의 각오로 사람들을 구하지만 모모시키의 술법에 이공간으로 사라지고 만다. 그제서야 아버지의 걸어온 길과 그 무게를 느낀 보루토는 스승인 사스케, 다섯 카게들과 아버지를 구하기 위한 길을 나선다!