전편에서 인체 전송을 연구하다 파리와 합성되어 버린 과학자 세스 브런들이 여기자 린다에게 임신시켰던 아이가 파리의 유충같은 번데기에 싸여 탄생한다. 린다는 출산 직후 사망하고 번데기에서 나온 아기 마틴은 바톡이라는 사람이 경영하는 유전공학 업체(Bartok Industries)의 연구실에서 키워진다. 마틴은 몸 속의 돌연변이 유전자의 영향으로 매우 빠르게 성장하여 다섯살 때 이미 성인의 모습이 된다. 지능지수도 상상을 초월하여 정도로 높아, 그가 다섯살이 되는 날, 바톡은 그를 인체 전송연구 책임자로 임자로 임명한다. 자신의 출생의 비밀을 모르는채, 아버지가 아무에게도 알려주지 않고 가버린 인체전송 프로그램의 운용법을 연구하기 시작한 마틴은, 회사의 신입사원으로 야간근무를 하는 베스라는 여직원을 알게되어 사랑에 빠진다. 그러던 어느날 베스의 초대로 회사내 표본 부서의 파티에 참석했다가 표본우리에 갇혀있는 괴물로 변한 개를 목격하는데, 그 개는 마틴이 어렸을 때 귀여워 했으며, 당시 우연히 목격한 전송실험중에 괴물로 변하는 것을 보고 충격을 받아야 했던 바로 그 개다. 마틴은 표본우리에 몰래 들어가 눈물을 흘리며 개를 안락사 시키고 바톡에게는 모르는 일이라며 거짓말한다. 아무튼 전송 프로그램의 비밀을 풀어 유기체의 완벽한 전송에 성공한 마틴은 자기만이 그 프로그램 화일을 열 수 있도록 패스워드를 심어놓고, 다른 사람이 틀린 패스워드를 넣을 경우 프로그램이 모두 파괴되도록 부비트랩까지 설치해 놓는다. 잠복성이었던 염색체들이 활동을 개시하면서 파리로 변해가는 과정이 시작되자 치료방법을 알기 위해 전송프로그램을 연구한 끝에, 전송장치 속에 정상인과 돌연변이 DNA와 바꿔치기 하는 방법밖에 없다는 해답을 얻는다. 마틴은 자신이 잔인한 실험의 대상임과 함께 풀 수 없었던 전송장치의 비밀을 자신을 통해 풀려했던 비인간적인 과학자의 흑심에 대한 복수가 시작된다.

정년을 며칠 남긴 고참 형사 버트(Burt Simpson: 데브니 콜맨 분)는 마지막 건강진단에서 카드가 바뀌어 엉뚱하게도 시한부 인생을 선고 받는다. 그냥 죽는 것보다 근무 중에 순직하면 보험금 30만달러가 나온다는 것을 알고 버트는 가족들을 위해 순직 작전을 편다. 평소에는 몸을 사리던 버트가 생명의 위협도 무릅쓰고 위험한 사건에 뛰어들자 파트너인 어니(Ernie Dills: 맷 프로어 분)는 물론이고 경찰서 전 직원들이 깜짝 놀란다. 그러나 죽으려고 뛰어든 사건마다 죽지는 않고 그 대담성에 질린 범인들만 붙잡히자 상장과 훈장이 계속 쏟아지지만 비트는 속으로 답답하기만 하다. 결국에는 경찰도 함부로 죽이는 잔인하기로 유명한 악당두목 스타크(Carl Stark: 샌더 버켈리 분)를 스스로 찾아가지만 그의 끈질긴 생명력은 스타크도 감당하지 못한다. 고층 빌딩 한가운데서 쇠난간에 의지한 채 스타크가 죽여주기만 기다리던 버트는 동료인 어니로부터 병원 실수로 오진된 사실을 알자 다시 생명에 대한 뜨거운 애착심을 갖고 스타크와 대결 그를 처치하고 무사히 살아난다.

연쇄살인 사건의 혐의가 있는 용의자 마틴 씨일(케빈 베이컨)의 변호를 맡은 벤 체이스(게리 올드만)는 재판에 승소한다. 하지만 재판이 끝난 후 그가 진범일 거라는 의혹에 빠진다. 그런 회의을 느끼면서 정신적 방황을 할 때 체이스는 마틴으로부터 연락을 받는다. 체이스는 마틴의 어머니가 낙태 수술을 해주는 모든 여자는 살인자로 판단, 여자를 차례로 죽여왔던 사실을 발견한다. 체이스는 마틴이 자기 어머니마저 죽이는 것을 보고는 마틴을 없앨 기회를 노리는데..