공화국으로부터 분리하려는 수백개의 행성연합은 은하계의 거대하고 새로운 위험으로 등장한다. 생명의 위협을 느끼는 아미달라 여왕의 신변 보호를 위해 아나킨과 오비완에게 경호 임무가 부여여된다. 공화국 수상 팰퍼틴의 야욕은 어마어마한 클론 군대를 비밀리에 양성하고, 오비완 케노비는 암살 의혹을 파헤치던 임무 중에 클론의 존재를 감지한다. 분리주의 세력과 공화국과의 걷잡을 수 없는 갈등은 마침내 거대한 전쟁을 불러오게 된다. 아나킨은 최고의 제다이 기사가 되고 싶은 욕망과 스승인 오비완과의 우정과 갈등, 여왕과의 사랑으로 갈등하는데...

호주의 성직자인 마이클과 그의 아내 린디, 그리고 두 아들과 어린딸 아자리아는 에이어즈 록으로 성지 순례를 떠난다. 그러나 에이어즈 록에 도착한 그들은 섬뜩한 모습의 딩고를 목격하고, 딩고는 아자리아를 납치한다. 아무리 찾아봐도 아자리아가 발견되지 않자, 딩고의 뒷모습을 목격한 린디는 경찰에 신고를 한다. 하지만 딩고가 아자리아를 납치했다는 확증이 발견되지 않자 오히려 린디가 용의자로 지목되고, 마이클 역시 살인의 공모자로 몰린다. 유태교의 입김으로 집단 광증을 보이는 대중들은 결국 린디의 가족을 재판까지 받게 하고, 그들은 감정적인 여론 앞에 내던져진다.