어른이 된 피터팬과 그 동안 복수를 별러 온 후크 선장의 재대결이 이루어진다. 사업에 몰두하느라 여념이 없던 피터 배닝은 고아인 자신을 키워준 웬디를 10년 만에 찾아간다.웬디에게 바치는 고아 병원의 개원식에서 연설을 하기 위해서다. 그러나 때마침 마법의 섬에서 온 후크 선장이 피터의 아이들인 잭과 매기를 납치해 사라진다. 요정 팅커벨은 자신의 옛 모습을 전혀 기억하지 못하는 피터를 마법의 섬으로 데리고 가는데...

고스트 버스터즈 4인방은 악마 '고저'로부터 세계를 구한 후 순탄한 생활을 하지 못하고 있다. 이들은 소동으로 파괴된 빌딩과 도로 수리비를 벌기 위해 유령퇴치 일도 휴업한 채 실직 직전에 있다. 다나(시고니 위버 분)도 이혼 후 아들 오스크와 함께 지내고 있다. 다나는 미술관에서 일하는데, 그녀는 아기가 탔던 유모차가 혼자 움직이더니 자동차 사이를 달리는 이상한 일이 생기자 유령 퇴치꾼들을 부른다. 고스트 버스터즈 4인방은 이 일을 계기로 다시 모여 다나의 집근처를 조사한다. 그러던 중 그들은 땅 속에서 붉은 색 거품의 강을 발견하고, 이 거품이 인간의 증오와 불신의 감정이 뭉쳐서 형성된 물질임을 알게 된다. 한편 다나의 직장인 미술관의 야노즈 박사(피터 맥니콜)가 초상화로 인해 악령의 조종을 받게 되는데...