모든 자취를 숨기고 사라졌던 제이슨 본, 그는 되찾은 기억 외에 과거를 둘러싼 또 다른 음모가 있다는 것을 알게 되고 마침내 CIA 앞에 자신의 존재를 드러내게 된다. 그리스 반정부시위에서 소셜미디어를 통해 감시와 통제를 자행하려는 CIA의 새로운 프로그램 아이언핸드가 은밀히 진행 중이다. 이런 상황에서 본은 과거 트레드스톤 작전과 관련된 아버지의 과거를 추적하며 CIA와 대립한다. 본을 제거하려는 국장 듀이(토미 리 존스)에 맞서 사이버팀장 헤더 리(알리시아 비칸데르)가 모호한 조력자로 나선다.

26세기 인간과 외계 연합체 ‘코버넌트’간의 전쟁은 협정을 통해 종결된다. 그러나 ‘코버넌트’ 일방적으로 협약을 깨고, 인간이 살고 있는 행성 ‘세드라’에 치명적인 물질로 테러를 시도한다. 이에 슈퍼 솔저 부대는 인류를 위협하는 테러 물질이 있는 알파 헤일로 파괴를 위해 투입된다. 하지만 그곳에서 예기치 못한 외계 생명체의 공격을 받게 되고 절체절명의 위기에 빠지게 되는데… 그들은 무사히 임무를 완수하고 인류를 구해낼 수 있을까?