때는 서기 2100년, 수천년간 지구를 지배했던 인간들은 자신의 창조물인 사이보그와의 전쟁에 패하여, 오랜 영광의 막을 내리고 노예의 위치로 전락했다. 그러나 인류는 아직 싸움을 끝내지 않았다. 한 과학자의 노력으로 특수 DNA를 가진 초능력 아이 알렉스(Alex: 수 프라이스 분)를 탄생시킨 그들은 알렉스와 그녀의 엄마를 타임머신에 태워 1980년의 지구로 보낸다.

서기 2077년. 지구를 지배하는 사이보그들을 물리칠 수 있는 슈퍼 DNA를 가진 일종의 돌연변이 인간 알렉스를 생포하라는 명령이 판스워스 2에게 내려진다. 전 편에서 네뷸라란 사이보그가 알렉스와의 결전에서 패배했기 때문이다. 판스워스 2와 다른 지원팀들은 알렉스를 찾기 위해 타임머신을 타고 1988년의 동아프리카로 온다. 그들의 임무는 알렉스를 생포한 후 분자 구조를 검증하는 것과 알렉스가 2세를 통해 슈퍼 DNA 인간들을 증가시키려는 계획을 막는 것이다. 동아프리카의 사막. 알렉스는 머리를 다쳐 기억상실증에 걸려 있다. 그녀는 사막에 남겨진 자신의 기억을 되찾기로 결심하는데...