전 부인 레니(팜케 얀센)가 방문한다는 연락을 받고 집으로 돌아온 브라이언 밀스(리암 니슨)를 기다리는 건 살해당한 아내의 싸늘한 시체. 사태를 파악할 겨를도 없이 경찰이 집에 들이닥치고 브라이언은 살인범으로 체포되기 직전 가까스로 탈출한다. 쫓아야 할 대상도, 쫓기는 이유도 알 수 없는 상황에 경찰, FBI, CIA까지 총동원 되어 모두가 그를 쫓는다. 이제 그에게 무엇보다 중요한 것은 마지막 남은 딸 킴(매기 그레이스)을 지켜내는 것. 브라이언은 부인을 죽인 범인을 찾고 딸을 지키기 위해 목숨을 건 추격을 시작하는데...

외계인 연합체 코버넌트군과 인류의 싸움을 기록한 우주 대서사시. 수백 년 후, 미래. 외계 연합체인 코버넌트군은 자신들에게 새로운 생명을 가져다 줄 것이라 생각되는 유적을 찾기 위해 전 우주를 배회하면서 자신들의 앞 길을 막아서는 문명과 종족들에 대해서는 무차별적인 파괴를 일삼는다. 이런 일련의 과정을 묵묵히 지켜보던 연합계 영웅 슈퍼 솔저 마스터 치프는 코버넌트군의 최종 목적이 전 우주의 말살을 위해 고리형 행성인 ‘헤일로’를 발동시킬 것이라는 사실을 알게 된다. 이제 마스터 치프는 상상을 초월하는 코버넌트군에 맞서 치열한 전투를 벌이며 인류의 새로운 구세주로 떠오르게 된다.

버그들의 공격으로 우주기지를 빼앗기자, 대원들은 생존자 구출을 위해 임무에 투입된다. 행방불명된 존웨이든호를 찾아 수색에 나서지만, 이미 버그의 여왕에 점령되어 버렸고, 버그의 여왕은 존웨이든호를 몰고 지구로 향하는데...