어느 날 일반 진학교인 쿠누기가오카 중학교의 낙오자반이라고 불리는 3학년 E반에 정부 사람들과 인간이 아닌 정체불명의 생물이 찾아온다. 이 수수께끼의 생물은 어느 날 갑자기 나타나 달의 70%를 날려 버린 초생물로 내년에 지구를 날려버리겠다고 선언한 공공의 적. 마하 20의 속도로 하늘을 날며, 상상을 초월한 공격력과 다양한 능력을 가진 이 생물이 무슨 이유에서인지 ‘쿠누기가오카 중학교 3학년 E반의 선생님으로 일하겠다는 제안을 했고, 세계는 그것을 받아들인 것이다. 정부는 감시와 동시와 암살을 할 수 있기 때문에 이 제안을 승낙한다. 암살 성공의 보수 100억 엔과 인류의 운명을 걸고 30명의 중학생과 살생님의 긴장감 넘치는 수업이 시작된다.

이 사회는 평등한가 아닌가. 진짜 '실력'이란 무엇인가. 고도 육성 고등학교. 그곳은 철저한 실력지상주의를 내건 진학률과 취업률 100%를 자랑하는 학교이다. 올해 입학해 1학년 D반에 소속된 아야노코지 키요타카. 하지만 학교는 '실력지상주의'라는 간판과는 정반대로 학생들에게 현금과 동일한 가치를 가진 포인트를 한 달에 10만엔 가량 주고선 수업이나 생활태도에 관해 방임주의로 일관한다. 돈을 펑펑 쓰며 방탕하게 꿈만 같은 나날을 보내던 학생들. 하지만, 머지않아 그들은 학교 시스템의 진실을 알게 되어 절망의 늪에 빠져버리고 만다! 낙오자가 모여든 D반에서 소년소녀들이 발견한 것은 과연 세계의 모순인가, 혹은 정당한 실력사회인가..