일본에서 제작한 변신로봇장난감인 나이아크론은 미국에서도 크게 히트하게 되고, 변신로봇을 소재로 TV판 애니메이션이 제작되었다. 이후 극장판 영화로 제작하게 되고, 연출은 TV판 제작을 맡은 넬슨 신이 맡았다.

2차세계대전을 마무리할 원자폭탄 발명 극비작전, 냉혹한 그로브즈 장군(폴 뉴만)의 지휘하에 오펜하이머 박사 등 우수한 과학자들이 비밀리에 모였다. 철저한 군인들의 감시하에 최종기간 19개월을 남겨놓고, 원자폭탄에 대한 윤리적인 고민을 하는데...

머나먼 남쪽 끝 펭귄나라. 만월절이 가까와 올 수록 총각 펭귄들은 페블을 찾느라고 정신이 없다. 자신의 짝에게 줄 약혼 선물을 준비해야하기 때문. 부끄럼장이 펭귄 휴비(Hubie: 마틴 쇼트 목소리 분)도 열심히 페블을 찾는다. 그가 꿈꾸던 소녀 마리나(Marina: 애니 골든 목소리 분)에게 선물할 완벽한 페블을. 지성이면 감천이라 어느날 하늘에서 떨어진 페블. 그것은 영롱한 빛을 발하는, 그야말로 아름다운 마리나에게 줄 완벽한 페블이다. 하지만 휴비의 페블을 탐내는 자가 있었으니, 그것은 다름아닌 악당 드레이크(Drake: 팀 커리 목소리 분). 드레이크도 마리나를 좋아했던 것. 휴비가 페블을 안 내놓으려 하자, 드레이크는 휴비를 무서운 바다 고래가 사는 바닷속으로 던져버린다. 정신없이 바다 속을 헤메던 그는 바다 동물들을 잡아다가 동물원에 팔아넘기는 미저리호에 끌려간다. 그 곳에서 로코(Rocko: 제임스 벨루시 목소리 분)라는 모험심이 강한 펭귄을 만나게 된다. 자나깨나 마리나 생각뿐인 휴비는 하늘을 나는게 꿈인 로코와 함께 미저리호를 탈출하여 고향으로 떠난다.

스키드로우의 꽃가게 점원인 시모아 크레르몽(릭 모라니스 분)은 어릴 때 자신을 데려다 키운 주인 마슈닝(빈센트 가드니아 분)에게 하인처럼 혹사당한다. 그런 시모아의 유일한 안식처는 여점원 오드리(엘렌 그린 분)지만 그녀에게는 안타깝게도 오린 스크리베리(스티브 마틴 분)라는 애인이 있다. 어떤 일식날 시모아는 이상한 꽃을 사서 '오드리2'라는 이름을 붙여 기른다. 그 독특한 모습의 '오드리2'에 대한 소문은 금방 퍼져 가게는 고객들로 연일 붐비고 시모아는 매스컴의 세례를 받는 유명인이 된다. 그런데 어느날 시모아가 무심코 오드리 2를 만지자 그것이 손가락끝에 달라 붙어 피를 쪽쪽 빠는 것이 아닌가. 알고보니 그것은 흡혈식물이었던 것. 식물은 점점 커지면서 더 많은 피를 요구하는데...