무라지 경제 특별 구역, 통칭 로스트 그라운드는 대규모적인 지각 융기에 의해 생겨난 곳으로 원래는 일본 도쿄 인근의 카나가와였다. 22년 전의 대융기 이후 본토와 분리된 이곳에서는 태어난 신생아들 가운데 약 1%가 일종의 초능력인 앨터 능력을 갖고 태어나게 되었다. 일종의 초능력이라고 할 수 있는 앨터 능력을 가진 자들은 그 특이성으로 인해 일반 사람들로부터 배척받는 처지에 놓이게 된다. 한편 일본 정부(본토)는 로스트 그라운드에 거대한 장벽을 세우고, 장벽 안에 본토와 같은 질서와 법이 지켜지는 시가지를 건설한다. 그리고 강도와 불량배, 그리고 관리되지 않는 앨터 능력자 '네이티브 앨터'에 의해 가히 혼돈의 상태에 빠져있는 장벽 밖의 치안을 지키고자, 시가지 안에 치안 유지기구 홀드와 네이티브 앨터에 맞대응하기 위해서 같은 앨터 능력자들로 구성된 '홀리'가 창설된다. 그러나 홀드는 재개발이라는 미명하에 장벽 밖에서 나름대로 살아가는 사람들을 다른 곳으로 몰아내고, 홀리는 각지의 네이티브 앨터를 관리하에 두기 위하여 그들을 잡아들여 홀리에 입대시키거나 노동형, 혹은 본토로 보내버리는 등 각종 탄압 활동을 펼치는데...

C.E (Cosmic Era) 70년. 중립자원위성 헬리오폴리스에서 평화로운 나날을 보내던 키라. 하지만 그곳에서는 지구군 비밀 병기인 ‘G’ 가 만들어지고 있었다. 이것을 눈치챈 자프트군이 ‘G’를 노리고 공격해오고, 키라는 공장으로 피신한다. 그리고 그곳에서 우연히 Z.A.F.T(자프트)군의 파일럿이 된 옛 친구, 아스란을 만나면서 새로운 갈등이 전개된다. 가공의 시대인 코즈믹 이라(Cosmic Era, C.E) 70년대에 일어난 내츄럴(자연 인류)을 대표하는 지구연합군(O.M.N.I.Enforcer)과 코디네이터(유전자 조작을 통한 신인류)를 대표하는 자유조약 황도동맹(Zodiac Alliance of Freedom Treaty, Z.A.F.T)간의 전쟁을 배경으로 소년, 소녀들이 전쟁에 휘말려 들어가는 모습을 그리고 있다.