전설의 보물이 감춰져 있다는 산골마을의 라이벌 부족인 겐지와 헤이케. 두 부족 간의 충돌로 바람 잘 날 없는 마을에 외로운 총잡이가 나타나고, 뛰어난 그의 총 솜씨에 두 부족의 리더들은 그를 자기편으로 끌어들이려 한다.

현재 세상은 대부분 오르페녹들이 지배하고 있는 반면 인간은 그들에게 쫓기고 있는 힘든 생활을 보내고 있다. 오르페녹에 저항하는 '인간해방군'의 리더이자 성녀라고 불리는 소노다 마리는 사라진 구세주 '파이즈'의 전설을 사람들에게 이야기하며 간신히 희망을 지켜나가고, 오르페녹에 대항하기 위해 오르페녹이 만들고 있는 최강의 벨트인 '제왕의 벨트'를 탈취할 계획을 짠다. 한편 '타카시(隆)'라는 이름의 청년은 어렸을 때부터 함께 살아온 소녀 미나와 함께 구두공으로서 힘들지만 편안한 삶을 누리고 있었는데...

보석 도둑에게 빙의한 이매진을 쫓다가 과거의 세계로 날아가버린 료타로 일행. 하지만 그것은 덴라이너를 뺏기위해 파놓은 함정이었다. 주모자는 시간의 열차만을 노리는 강도 집단의 수장 가오. 그는 "신의 노선"을 달리며 모든 시간을 지배할 수 있는 '신의 열차'를 손에 넣기 위해 오더들을 인질로 덴라이너를 과거로 향하게 한다. 남겨진 료타로와 하나에게 덴라이너로부터 탈출한 모모타로스가 합류하지만 료타로는 가오의 발길질에 당한 충격으로 덴오에 관한 기억을 잃어버린 상태. 이때 11살의 료타로가 지크와 함께 나타난다. 작은 료타로는 시간을 뛰어넘는 열차에 타고 싶다는 이유로 료타로들과 행동을 함께하기로 한다. 사쿠라이 유토의 도움을 받아 제로라이너로 가오의 뒤를 쫓는 일행. 여러 시대를 뛰어넘어, 료타로 일행이 덴라이너를 발견한 것은 에도시대 초기의 '오사카의 난' 시기. 그곳에서 가오는 신의 노선에 가기위한 최후의 봉인을 풀려고 하고 있었다.

정체불명의 바이러스. Dr. 팩맨이 내습하여 위기에 빠진 인류. 무서운 속도로 바이러스가 확산되는 가운데, 텐쿠지 타케루(가면라이더 고스트)는 바이러스에 감염되어 변신 능력을 잃어버린다. 호죠 에무(가면라이더 에그제이드)는 바이러스의 정체를 알려고 하지만, 그와 동시에 자신의 운명과 직결된 진실을 알게 된다. 에그제이드와 고스트에게 닥친 위기, 레전드 라이더즈는 이 위기를 어떻게 타피할 것인가. 안식의 땅을 찾아 떠난 위자드.[2] 지상에서 모습을 감추어버린 가이무. 벨트 씨를 잃은 드라이브는 어떻게 부활을 완수하는가? 타케루에게 습격하는 새로운 운명. 전사들의 기적의 집결. 또한 에그제이드 본편으로 직결되는 중대한 비밀이 바로 이 이야기에서 이어질 것이다.

지금으로부터 45년 전, 그 남자는 악의 비밀결사 쇼커에 의해 개조 인간이 되었다. 그날 이래로 인간의 자유를 지키기 위해 그 남자는 계속 싸우고 있었다. 그의 이름은 혼고 타케시. 이 세상에 탄생한 최초의 가면라이더이다. 오랫동안 해외에서 악과 싸워온 타케시는 한 소녀의 위기를 알고 급히 귀국한다. 소녀[3]의 존재는 과거의 최고 간부 지옥 대사를 부활시키기 위해 불가결한 것이었다. 타케시는 가면라이더 고스트 = 텐쿠지 타케루와 그 동료들과 만나 쇼커가 소녀를 노리는 이유를 찾고 있었다. 한편, 너무나도 가혹한 나날을 보내왔던 타케시의 육체는 이미 한계에 다다른 것이었다......[4] 소녀의 위기, 그리고 새로운 조직 ・ 노바 쇼커가 불러온 일본 최대의 위기에 전설의 전사 혼고 타케시가 「변신」한다. 싸움을 계속 해 온 타케시를 기다리고 있는 것은 안식인가, 아니면...

고스트 헌터를 목표로 하는 주인공, 텐쿠지 타케루. 죽은 아버지가 보내온 수수께끼의 눈알 아이템 "고스트 아이콘(안혼)"을 손에 넣지만, 아이콘을 노리는 이세계의 괴물 "안마"에 의해 살해당하고 말았다. 소꿉친구인 아카리를 구하기 위해 싸울 결의를 다진 타케루는 불가사의한 선인의 힘에 의해 가짜 목숨을 받아 아이콘을 변신벨트 "고스트 드라이버"를 장비하여 "가면라이더 고스트"로서 되살아난다. 이 세계에 머무르는 것이 가능한 시간은 99일. 모으면 소원을 이뤄준다고 하는 "15의 위인"의 아이콘을 모아, 타케루는 이윽고 다가오는 세계의 운명을 좌우하는 싸움에 몸을 던지는 것이었다.

카논이 인간의 모습으로 돌아오고 첫 생일을 맞이한 밤, 갑자기 사건이 일어났다. 타케루 일행의 앞에 3명의 가면라이더 다크 네크롬을 이끌고 가면라이더 다크 고스트가 나타난 것이다. 싸움 도중, 타케루, 마코토, 앨런, 그리고 아카리, 오나리, 카논은 무지개 빛 너머로 가게 되었다. 그들이 도착한 곳은, 역사 속의 위인들의 혼이 실체화해서 살아가고 있는 불가사의한 마을이었다. 하지만, 다크 고스트는 이들의 혼을 이용해 100개의 아이콘을 모아 궁극의 아이콘을 완성시킬 음모를 꾸미고 있었다. 아이콘이 완성되면, 모든 세계의 인간을 고스트로 만들 수 있다. 다크 고스트의 정체는 앨런의 형이고, 죽었을 터인 아르고스. 한편 마코토는 오랫동안 행방불명 상태였던 아버지 후카미 다이고와 재회한다. 아르고스의 계획에 반발하는 앨런, 그리고 납치당한 카논을 구하려는 마코토는 이해할 수 없는 행동을 하는 아버지와 격렬하게 충돌하고, 가면라이더 스펙터와 가면라이더 제로 스펙터의 부자 대결로 치달았다! 완성되어가는 궁극의 아이콘, 수많은 시련을 넘어선 타케루는 지금, 궁극의 선택을 강요당한다. 전인류 고스트화 계획을 멈추는 방법은 단 하나 뿐이다. "안녕히. 나!" 운명의 순간, 타케루는, 그리고 아카리는 무엇을 보는가?

가면라이더 고스트 본편의 뒷이야기. 안마 세계를 바꾸려는 앨런의 노력이 큰 성과를 거두지 못하고 어려움을 겪던 중 추방당했던 단톤이 돌아온다. 그는 마코토의 비밀을 알고 있는 인물이었고 그에 동조한 마코토는 앨런과 대립하게 된다.