"제한시간은 74시간 27분!" 일본 자위대의 비밀 실험 중, 대규모 폭발 사고가 발생하면서 ‘마토바’ 대령이 이끄는 실험 부대가 흔적도 없이 사라져 버린다. 사라진 자리에는 460년 전에서 전국시대에서 온 사무라이가 부상을 당해 쓰러져 있다. 즉 두 시공간이 바뀌어 버린 것이다. 이러한 사고가 발생한 뒤 얼마 지나지 않아 하늘에 거대한 구멍(홀)이 발생하면서 일본을 위협하기 시작한다. 실험을 이끌었던 ‘레이’는 과거로 간 ‘마토바’ 일당이 역사를 바꿔놓으면서 현재에 영향을 미치고 있는 것이라 생각하고 세상이 멸망하기 전에 과거로 돌아가서 그들을 막아야 한다고 주장한다. 문제는 마토바에게는 공략이 불가능한 “D-3 시나리오”가 있기 때문에 과거로 간다 해도 이들을 막는다는 보장이 없다. 그래서 한때 마토바의 특수부대에 소속되어 있었던 ‘카지마 유스케’를 찾아가 도움을 요청한다. 유능한 군인이었으나 지금은 작은 식당을 운영하고 있는 카지마에게 레이의 방문이 귀찮기만 하다. 이런 세상 없어져버려도 그만이라고 생각하는 ‘카지마’는 ‘레이’의 간절한 애원을 단호히 거절한다. 하지만 460년 전 전국시대에서 온 사무라이 ‘시치베’의 설득이 그의 마음을 움직이고 두번째 시간여행을 감행한다. 제한시간은 74시간 26분. 그 시간이 지나면 시공간의 진동이 원래대로 돌아와 두 번 다시 현대로 돌아올 수 없다. 주어진 시간 내에 마토바 일행을 다시 데려오는 것이 그들의 임무이다.

17세기, 선교를 떠난 ‘페레이라’ 신부(리암 니슨)의 실종 소식을 들은 ‘로드리게스’(앤드류 가필드)와 ‘가르페’(아담 드라이버) 신부는 사라진 스승을 찾고 복음을 전파하기 위해 목숨을 걸고 일본으로 떠난다. 천주교에 대한 박해가 한창인 그 곳에서, 두 신부는 어렵게 믿음을 이어가고 있는 사람들과 마주하게 된다. 생각보다 훨씬 더 처참한 광경을 목격한 두 신부는 고통과 절망에 빠진 이들에게 침묵하는 신을 원망하며 온전한 믿음마저 흔들리게 되는데…