엄마와 원숭이 미미와 사는 신밧드. 선원이던 아빠는 어릴 때 바다에 나간 뒤 돌아오지 않았지만, 신밧드는 어릴 때부터 바다 건너편에 펼쳐진 미지의 세계를 동경해 왔다. 바하르 호의 선원 알리와 만나게 된 신밧드는 알리와 함께 신비한 목걸이를 줍게되고 목마를 탄 소녀 사나가 하늘에서 나타난다. 그녀가 악당들에게 쫒긴다는 것을 안 신밧드는 악당들에게서 사나를 도망치게 하기위해 고군분투한다. 이 모습을 보던 바하르호의 선장 라자크의 도움으로 신밧드는 꿈에 그리던 바다로 떠나게 되는데...

프랑스에서 열리는 세계 대회에 출전하기 위해서 파리에 온 키라키라 파티스리 일동. 그러나 느닷없이 시엘의 컨디션이 나빠진다. 게다가 스위츠 만들기도 실패만 하고, 프리큐어로 변신도 키라링의 모습인 채로 큐어 파르페가 되어버려 전투도 못하는 등 지장이 생기고 말았다. 그러다 대회 전야제 파티회장에서 시엘의 파리 시절 스승이었던 장 피에르와 그를 따르는 쿡이라는 요리사처럼 생긴 요정과 만난다. 시엘과 장 피에르는 오랜만에 재회하지만 "믿을 수 있는 건 자기 자신의 힘 뿐"이라는 신념을 가진 장 피에르는 키라파티의 동료들과 사이좋게 디저트를 만드는 시엘의 모습에 실망한다. 과거의 스승에게 그것을 지적받은 시엘은 풀이 죽지만, 이치카는 시엘을 격려하기 위해 예전에 장 피에르가 시엘에게 만들어 주었던 밀푀유를 콘테스트에서 만들자고 제안한다. 한편 파티장에는 스위츠를 맛있게 먹는 마법사 프리큐어!의 3명과 모후룬의 모습도 보였다. 그녀들은 마법 수정의 계시에 나온 "다가오는 재앙"에서 도시를 지키기 위해서 파리에 왔다는 것이다. 이치카와 시엘 일동이 밀푀유를 만들기 시작한 찰나 파리의 거리에서는 계속해서 파티시에를 습격하는 수수께끼의 거대 스위츠가 출현, 파리의 건물들도 스위츠로 바뀌는 사태가 발생한다. 아수라장이 된 도시를 구하기 위해 마법사 프리큐어의 도움을 얻어 키라키라☆ 프리큐어 아라모드 6명은 적과 싸우게 된다.

U.C.0097. ‘라플라스의 상자’가 열린 지 1년. 뉴타입의 존재와 그 권리에 언급된 ‘우주세기 헌장’의 존재가 밝혀졌어도 세상의 틀은 크게 변화되지 않았다. 후에 ‘라플라스 사변’이라고 불리는 전란은 네오 지온의 잔당군 ‘소데츠키’가 와해되며 종결된 것으로 보였다. 그 최후의 전투에서 2기의 풀 사이코 프레임 사양의 모빌 수트가 인지를 초월한 힘을 보였다. 하얀 유니콘과 검은 사자. 2기의 위협은 봉인됨으로써 사람들의 의식에서 멀어져 갔고 기억에서 사라질 예정이었다. 하지만 2년 전에 행방불명 된 RX-0 유니콘 건담 3호기가 지구권에 다시 모습을 드러내기 시작했다. 금빛 ’불사조’, 그 이름은 페넥스.

사나, 알리와 함께 바다로 떠난 신밧드는 사나를 쫒는 악당의 표적이된다. 의문의 섬에 도착하여 여러 신기한 경험과 모험을 하는 신밧드앞에 나타난 악당 갈리프를 통해 사나에 대해 알게 된다. 그리고 그들앞에 나타난 엄청난 괴물과 의문의 섬의 정체는…?

위기를 벗어난 신밧드는 계속하여 항해를 하며 사나에게 마법과학에 대해 듣게 된다. 사나를 도와 수수께끼의 문앞에 도달한 신밧드는 그곳에서 기다리고있던 갈리프의 부하들과 마지막 승부를 펼치는데…

날개를 빠져나와 신기한 세상으로 -3가지 용기로 지켜보겠다! 어느날, 우사미 이치카는 이상한 꿈에서 본 사쿠라라는 수수께끼의 여자와 현실세계에서 만나게 되었어! '벚꽃가하라'라는 다른 세계에서 온 사쿠라는 '온 세상의 아름다운 것'을 노리는 까마귀 천구마귀의 손에 의해 뿔뿔이 흩어진 친구 여우 시즈쿠를 구하기 위해 '열쇠', '보석', '스위츠'의 프리큐어를 찾고 있다고 한다. 이윽고,「GO!프린세스 프리큐어」「마법사 프리큐어!」 「반짝반짝☆프리큐어 아라모드」라고 대집합한 프리큐어 12명 앞에, 까마귀 텐구의 졸개·적구 황구, 그리고 수수께끼의 강적·오월우가 가로막는다. 벚꽃의 생각에 이끌리듯, 벚꽃이 벌판으로 이어지는 날개의 봉인이 풀리고, 프리큐어 12명은 이제 벚꽃의 세계로---. 그곳에는 반짝반짝 빛나는 아름답고 신기한 세계가 펼쳐져 있었다!

나, 노노하나! 오늘은 기다리고 기다리던 하탄의 꽃밭 데뷔♪였는데, 갑자기 나타난 괴물 우소바카가 온 세상을 거짓말투성이로 만들기 위해서 난리법석! 자야와 칭찬이 채여서, 둘 다 떨어져 버렸어! 정말!! 게다가 다음에는 프리큐어 아라모드와 마법사 프리큐어가 노리고 있는 것 같아... 어서 모두를 찾자! 「약속」을 어기면, 「거짓말」이 되어 버린다?」 그때, 나는 생각났어. 어린 시절 신기한 남자아이 클로버와의 약속을 지키지 못했던 일들을. 나 마음 잘 전달해야겠어! 그리고 선배 프리큐어와 함께 세상을 지키자!!

‘프리큐어의 메모리’를 노리는 악당 미덴에 의해 아기로 돌아간 역대 프리큐어들. 마지막 프리큐어 전사인 큐어 옐=하나와, 동료와 힘을 모두 잃은 큐어 블랙=나기사는 모든 프리큐어를 구할 수 있을까?

어느 날, 히카루가 별을 보고 있는데 갑자기 우주로 워프해 버린다. 거기서 미라클 라이트를 제조하는 공장이 있는 행성이 있다는 걸 알게 되지만, 갑자기 우주에서 빛이 사라지고, 별들은 어둠에 덮이기 시작한다. 이대로 전 우주가 어두워지는걸 알게 된 히카루들. 스타☆트윙클 프리큐어는 허긋토! 프리큐어・키라키라☆프리큐어 아라모드의 프리큐어들과 함께 빛을 되찾기 위해 나선다.