메카고지라가 패배한 이후 G-포스는 메카고지라의 후속기체인 모게라를 건조하는 M프로젝트와, 고지라의 몸에 사이킥 증폭기를 달고 사에구사 미키의 텔레파시로 조종한다는 T프로젝트의 연구를 진행한다. 사에구사 미키를 비롯한 T프로젝트의 연구진들은 고지라가 살고 있는 버스 섬에 자리를 잡고 연구를 진행하고 있었다. 한편, 과거에 고지라의 습격으로 전우를 잃은 유우키 아키라 소좌는 이들보다 더 먼저 버스 섬에 자리 잡고, 고지라에게 복수하기 위해 칼날을 갈고 있었다. 다만, 버스 섬에 있던 리틀 고지라에게는 그런 감정이 없어 적당히 친하게 지내고 있었다. 사에구사 미키는 버스 섬에서 T프로젝트 연구를 돕던 도중, 우주로 갔던 모스라와 코스모스에게서 지구가 위험하다는 경고를 받는다.

간사이에 거점을 둔 사카니시파 3대 두목 '사카니시 타케오'가 쓰러져 입원한 뒤, 그의 아내 '하즈키'는 1만 5천여 명의 조직원들을 이끌어 나가고 있다. 간부급 조직원인 '테라다'가 4대 두목 자리를 노리고 있던 어느 날, 사카니시파를 위해 목숨까지 내다 버릴 각오가 되어 있는 '아카마츠'가 출소하고 본격적인 주도권 싸움이 일어나려 하자 '하즈키'는 어떤 결심을 하는데...