시대는 메이지 후기의 일본. 어릴 적부터 요괴가 보이는 주인공 이치노미야 칸타로는 민속학자 겸 영력을 살려 요괴 퇴치 일을 하며 여우 요괴 요코에게 신세를 지면서 함께 살고 있다. 칸타로는 어릴 적부터 계속 "전설의 귀신 먹는 텐구와 친구가 되고 싶어"라고 동경하여 오랜 탐색 끝에 결국 위치를 찾아 봉인을 푸는 것에 성공. 귀신을 먹는 텐구의 이름은 "귀신보다 훨씬(遥かに) 강하다."는 유래에서 하루카로 명명되었다. 이 3명을 중심으로, '요괴와 인간의 교류', 하루카의 기억과 귀신을 먹는 텐구 본래의 능력까지도 잃어버린 수수께끼, 그리고 왜 칸타로만이 봉인을 풀 수 있었는가?' 등을 큰 축으로 그리고 있다.

시골에서 살던 고등학교 1학년 학생인 오야마다 코타는 군푸(薰風) 고등학교에 전학 온 첫날에 처음 만나는 선배에게 부름을 받고 음악실에서 만났다. 그녀는 미나모토 치즈루라는 코타보다 한 학년높은 2학년의 선배인데 코타는 그녀의 직설적인 고백과 함께 날아든 첫 키스로 그녀가 여우 요괴임을 알게 돼버렸다. 그 날 이후, 훈풍 고등학교에는 요괴와 인간이 함께 공존하고 있음을 알게 되고, 갖가지 소동에 휘말리는 나날을 보낸다.

평화로운 타츠미야 섬. 어릴 적 아이들은 어느 날, 갑자기 "당신은 거기에 있습니까?"라고 말하는 음성 신호를 받게 된다. 뭔지 몰랐던 아이들은 "네. 여기 있습니다."라고 대답했다. 그리고..... 주인공 마카베 카즈키는 과거의 어떤 일을 계기로 소원해진 친구 미나시로 소우시와 토오미 마야 등과 함께 평범하고 평화로운 일상을 살고 있었다. 그러나 갑자기 미지의 적 페스툼이 쳐들어온다. 페스툼의 맹렬한 공격 가운데 카즈키 앞에 나타난 거인 파프너. 카즈키는 살기 위해 파프너에 타게 된다. 그리고 지옥 같은 전쟁으로 뛰어들게 되는데….

1명의 소녀와 신비한 힘을 가진 7명의 소년들이 번갈아가며 합체하여 세계를 위험으로부터 구하는 이야기

인류가 지구 외의 지적 생명체와 처음으로 조우하는데 성공한 2113년. 그러나 이 퍼스트 컨텍트는 그리 낙관적이지 못했다. 인간의 생각을 읽어내는 엄청난 힘을 가진 수수께끼의 적에 의해 인류는 괴멸적인 타격을 받게 된다. 일방적으로 이어지는 공세에 더 이상 반격할 힘도 남아 있지 않은 지구. 그러나 2116년 마침내 일본 열도가 지구상에서 완전히 소멸하는 사고와 함께 전쟁은 일시 소강 상태로 접어든다. 그리고 시간이 흘러 평화로운 타츠미야섬에서 이야기는 시작된다. 마카베 카즈키는 어렸을때부터 친구 사이였으나 어느새 소원해진 미나시로 소우시와 토오미 마야 등과 함께 평범한 나날을 보낸다. 그러던 어느날 갑자기 하늘에서 "당신은 그곳에 있습니까?"라는 목소리가 들려온다. 이에 그들은 "있습니다"라고 대답한다. 그러나 그 대답은 거대한 재앙, 아니 받아들이기 힘든 진실을 눈앞에 펼쳐 놓는 계기가 된다. 그들이 푸른 바다와 하늘 사이에 떠있는 행복하고 평화로운 섬이라는 것 따윈 전부 조작된 허구였음을 알게 된 것이다. 공격해오는 적들의 압도적인 화력에 살아남으려 발버둥치는 카즈키. 그런 그의 앞에 강철의 거인 파프너가 나타난다. 전쟁의 의미나, 살생의 의미를 고상하게 생각할 여유같은 것은 없다. 살기 위한 본능에 충실하게 파프너에 올라탄 그는 이 지옥같은 현실의 한가운데로 뛰어들게 되었는데...