1992년 갑자기 미래인들이 UFO를 타고 나타난다. UFO에서 나온 미래인 에미 카노, 윌슨, 그렌치코는 자신들이 2204년의 미래에서 왔으며, 일본은 21세기에 고지라 때문에 원자력 발전소들이 파괴되어 일본 전국토가 방사능에 오염되어 멸망할 운명이라는 것을 알려준다. 미래인들은 1944년, 2차 대전이 한창 벌어지는 중이던 태평양의 라고스 섬으로 가서 훗날 수폭 실험의 영향으로 고지라가 될 고지라사우루스(ゴジラザウルス)를 도랏토 3마리로 바꾸면서 1992년 고지라는 사라지고 도랏토가 원폭의 영향으로 킹 기도라가 되고 만다.

수백 만년전 지상에 있었다고 전해지는 레무리아 대륙의 후손들인 시토피아 인들은 현대 인류들 모르게 지구 지하에서 살아오고 있었다. 그러나 지상의 인류들이 핵실험을 거듭하자 지하가 흔들려 생존의 위협을 받게 되고, 이에 시토피아 인들은 괴수 메가로를 지상으로 올려보내 인류를 공격하게 한다. 제트쟈가(제트 재규어)라는 로봇을 개발한 이부키 고로 박사는 제트자카를 괴수섬으로 보내 고지라에게 메가로를 물리치는 것을 도와달라고 요청하게 한다. 괴수섬에서 먼저 돌아온 제트쟈가는 사실 제작자 고로 박사도 모르던 거대화 능력이 있었고(…) 거대화해서 메가로와 싸운다. 또 괴수섬으로부터 고지라가 와서 메가로를 협공한다. 이에 시토피아 인들은 우주에 있는 M성운인들부터 가이강을 빌려와서(…) 메가로의 증원으로 붙여준다. 싸움 끝에 메가로는 봉인당하고, 가이강은 다시 도망간다. 고지라는 제트쟈가와 작별인사한채 헤어지며 괴수섬으로 돌아간다.

1984년에 부활한 고지라는 결국 초음파 유도작전에 의해 미하라산의 분화구 속으로 떨어져 최후를 맞은 듯 했다. 그러나 이미 그 시점에서 폐허가 된 신주쿠에서는 각국 첩보원들에 의한 고지라 세포의 치열한 쟁탈전이 벌어지고 있었다. G세포(고지라 세포)는 중동의 산유국 사라지아의 첩보원과 일본 정부의 손에 각각 들어가게 된다. G세포를 입수한 사라지아는 농작물 연구를 위해 초빙한 일본인 시라가미 박사에게 G세포의 힘으로 영원히 시들지 않는 작물을 만들도록 의뢰하지만, 미국의 초거대 식량유통업체인 바이오 메이저의 공작으로 연구소와 G 세포는 함께 폭파되어 사라지고 만다, 그리고 그 과정에서 시라가미 박사의 딸 에리카마저 목숨을 잃게 된다. 시라가미는 딸의 DNA 세포를 장미에게 주입시켜 에리카를 살아있게 한다.

블랙홀에서 온 외계인들의 메카고지라를 앞세운 지구침략 작전은 실패로 돌아갔다. 하지만 블랙홀 외계인들의 후발대는 고지라에게 파괴된 메카고지라의 잔해를 회수하고 다시 부활시키는데 성공한다. 여기에 세상에 대한 원한으로 가득한 지구인 과학자가 사육하던 괴수 티타노 사우르스까지 가담해 다시 지구침략을 시작한다. 이들에 맞서는 고지라는 다시 한번 지구를 지킬 수 있을까?

모든 범죄가 예측 가능해진 미래! 시스템의 지배가 세상을 위협한다! 개인의 범죄성향이 측정 가능해진 미래세계, 인간의 심리 경향을 분석해 이들을 실시간으로 감시하고 제어하는 시빌라 시스템에 의해 범죄가 관리되는 가운데 일본 정부는 마침내 타국에까지 이 시스템을 수출하기에 이른다. 장기간 내전 상태에 있던 SEAUn(동남아시아 연합)의 의장 ‘츄안 한’은 수도인 샴발라플로트에 시빌라 시스템을 도입하고, 때마침 밀입국 무장단체에 의한..

도쿄에서 근무하던 주인공 시라키 선생이 한 시골 여학교에 부임을 와서 학장이 사는 저택에 머무르게 되는데 죽었다는 학장의 부인과 행방불명됐다는 여학생이 나오는 꿈을 꾸고 기묘한 사건에 빠지면서 벌어지는 이야기

도쿄만에서 훈련 중이던 이지스함 안에서 전후 일본 최대의 위기가 진행되고 있었다. 이지스(aegis)는 그리스 신화에 등장하는 제우스의 방패 이름으로 현재는 미해군의 함대방어시스템을 가리킨다. 이러한 최강의 방어체계가 무너지고 있는 것이다. 국적 불명의 테러리스트 ‘용하’가 오키나와 미군기지에서 빼앗은 생화학무기 '고슈(GUSOH)'를 갖고 도쿄로 향하고 있다. 그는 함장을 제거하고 지휘권을 장악한 부함장 ‘미야즈’와 결탁하여 위험천만한 테러를 감행하려는 것이다. 일본 정부는 함선에 비밀요원 ‘키사라기’를 심어 두었으나 한 사람의 힘으로 이들을 막을 수 없고 연락이 두절된 상태이다. 이 때, 함대를 장악한 용하와 미야즈, 그 어느 쪽도 속하지 않는 선임상사 ‘센코쿠 하사시’가 오로지 테러를 막기 위해 키사라기를 돕는다. 둘은 적으로 가득한 함선을 누비며 배를 멈추고 또 ‘고슈’를 찾아 나선다. 하지만 두 사람의 존재를 알지 못하는 일본 정부는 함선을 저지하기 위해 미군의 도움을 받아 전투기를 출격시킨다. 전투기가 함선을 폭격하기 전에 미사일을 찾아내야 하는 긴박한 상황이 전개된다.

태평양전쟁 말기 오키나와. 병력 증강은 꿈도 꿀 수 없는 상황에서 강력한 미군상륙부대와 맞서 싸우는 병사들. 군병원에 들어온 '히메유리'의 아가씨들, 철혈근황대(鉄血勤皇隊)가 된 학생들. 무고하게 희생된 수많은 사람들이 흘린 피가 흐르는 태평양전쟁 참극의 극전지 '오키나와'. 오키나와전의 전모를 오카모토 기하치 감독이 고발한다! (2011년 한국영상자료원 - 오카모토 기하치 감독전)