문명의 극치, 메르토폴리스는 '지구라트'를 완공시키면서 대대적인 축제를 벌인다. 이 도시의 실질적인 지배자나 다름없는 레드 공은 '지구라트' 완공식에서 이제 우리 인류의 문명은 마침내 천상에 이르게 되었다면서 국민적인 지지를 강요한다. 그러나 그는 생체조직을 이용한 인조인간 실험으로 인해 국제적인 현상수배자가 되어 버린 로톤 박사를 이용해 자신의 죽은 딸과 닮은 '티마'라는 완벽한 인조인간을 비밀리에 창조해 내며, 더욱 확고한 세계 지배를 꿈꾼다. 한편, 레드 공의 양아들이자 반 로봇 과격단체인 마르두쿠 당의 열성당원인 로크는 '티마'의 탄생을 반대하며, 로톤 박사의 실험실을 파괴해버린다. 때마침 수배자인 로톤 박사를 쫓던 사설 탐정 반과 조카 켄이치는 화염에 휩싸인 로톤의 실험실에서 완성된 티마를 만나게 된다. 삼촌 반과 헤어지게 된 켄이치는 티마와 함께 영문도 모른채, 로크에게 쫓기게 된다. 켄이치로부터 말과 삶을 배우던 티마는 자신이 로봇인지도 모른채 켄이치로부터 인간적인 정을 느끼게 된다. 자신의 정체성을 찾는 로봇 티마와 인간 케이치의 사랑은 쉽게 이루어질 수 있을까...

휴대전화의 정체를 알 수 없는 목소리에 이끌려 디지털 세계에 오게 된 다섯 명의 아이들이 그 옛날 루체몬 밑에서 신음하던 디지털 월드를 구해냈다는 전설의 열 명의 용사들이 남긴 스피릿을 찾아내 디지바스에 저장하고 위기가 닥쳐오면 스피릿을 불러내 그 데이터를 몸에 휘감음으로써, 아이들 자신이 디지몬으로 진화한다. 우연히 우정훈(칸바라 타쿠야)가 아그니몬으로 진화하는 모습을 목격한 볼록몬과 네이몬은 케루비몬으로 인해 황폐해진 디지털 세계에 평화를 되찾아 달라고 부탁하고, 아이들은 부탁을 받아들여 자신들과 적대 관계에 있는, 또 다른 용사의 스피릿을 이어받은 5명의 디지몬들과 싸우며 디지털 세계를 여행하게 된다.