수백 만년전 지상에 있었다고 전해지는 레무리아 대륙의 후손들인 시토피아 인들은 현대 인류들 모르게 지구 지하에서 살아오고 있었다. 그러나 지상의 인류들이 핵실험을 거듭하자 지하가 흔들려 생존의 위협을 받게 되고, 이에 시토피아 인들은 괴수 메가로를 지상으로 올려보내 인류를 공격하게 한다. 제트쟈가(제트 재규어)라는 로봇을 개발한 이부키 고로 박사는 제트자카를 괴수섬으로 보내 고지라에게 메가로를 물리치는 것을 도와달라고 요청하게 한다. 괴수섬에서 먼저 돌아온 제트쟈가는 사실 제작자 고로 박사도 모르던 거대화 능력이 있었고(…) 거대화해서 메가로와 싸운다. 또 괴수섬으로부터 고지라가 와서 메가로를 협공한다. 이에 시토피아 인들은 우주에 있는 M성운인들부터 가이강을 빌려와서(…) 메가로의 증원으로 붙여준다. 싸움 끝에 메가로는 봉인당하고, 가이강은 다시 도망간다. 고지라는 제트쟈가와 작별인사한채 헤어지며 괴수섬으로 돌아간다.

일본에 이상기후가 갑자기 닥쳐 1월인데도 불구하고 무더위가 이어지고 있었다. 지구뿐만 아니라 우주에서도 이상한 현상들이 일어나고 있었고, 어느 천문대에서는 이 현상을 규명하기 위해 UFO와 교신을 시도하나 이는 유성우로 밝혀진다. 천문학자들이 실망하는 사이에 지구로 여러 운석들이 떨어진다. 일본을 방문하려던 세르지나 공국(セルジナ公国)의 마아스 도오리나 사루노(マアス・ドオリナ・サルノ) 왕녀는 전용 비행기를 타고 오던 도중 누군가의 텔레파시를 받고 타고 있던 비행기에서 뛰어내린다. 그와 동시에 비행기는 갑자기 폭발한다. 한편 지구로 계속 떨어지던 유성 중에 하나가 쿠로베 댐 부근의 산 중 계곡에 떨어진다. 이곳으로 운석을 조사하기 위해 과학자들이 파견된다.

블랙홀에서 온 외계인들의 메카고지라를 앞세운 지구침략 작전은 실패로 돌아갔다. 하지만 블랙홀 외계인들의 후발대는 고지라에게 파괴된 메카고지라의 잔해를 회수하고 다시 부활시키는데 성공한다. 여기에 세상에 대한 원한으로 가득한 지구인 과학자가 사육하던 괴수 티타노 사우르스까지 가담해 다시 지구침략을 시작한다. 이들에 맞서는 고지라는 다시 한번 지구를 지킬 수 있을까?

태평양전쟁 말기 오키나와. 병력 증강은 꿈도 꿀 수 없는 상황에서 강력한 미군상륙부대와 맞서 싸우는 병사들. 군병원에 들어온 '히메유리'의 아가씨들, 철혈근황대(鉄血勤皇隊)가 된 학생들. 무고하게 희생된 수많은 사람들이 흘린 피가 흐르는 태평양전쟁 참극의 극전지 '오키나와'. 오키나와전의 전모를 오카모토 기하치 감독이 고발한다! (2011년 한국영상자료원 - 오카모토 기하치 감독전)