고지라 시리즈에 등장한 괴수들은 물론이고 토호에서 만든 바란 등의 비고지라 계열 단독작품 괴수들도 나오는 올스타전과도 같은 작품이다. 이 작품의 배경은 1999년으로 쇼와 고지라 시리즈 타임라인 상으론 마지막이라고 봐도 무방할 정도의 특징이다. 즉 이때는 메카고지라의 역습의 이후 시점을 다루는 시퀄인 셈. 물론 이미 30년 넘었긴 했지만, 당시 미니어처는 나름대로 나쁘지 않은 수준이다.

마사루는 날아다니는 몽상에 잠기는 것이 취미다. 그를 제외한 그의 다른 가족 구성원들은 사회적으로나 경제적으로 자신이 처한 운명에 순종하며 살아간다. 반면 새로움을 꿈꾸는 마사루는 자신이 처한 상황에서 벗어나기 위해 안간힘을 쓴다. 하지만 대신 그가 얻는 것은 자신의 삶과 세계에 대한 크나큰 환멸뿐이다.

비가 내리고 번개가 치던 날 밤에 약혼녀 노노무라 유우코를 만나러 그녀가 사는 노노무라 저택에 찾아간 사가와 카즈히코가 유우코의 어머니 시즈로부터 보름 전에 유우코가 교통사고를 당해 죽었다는 비보를 듣고선 충격에 빠진 채 저택에 잠시 묵게 됐다가 다음날 새벽 숲속에 있는 유우코의 묘자리에서 죽은 줄 알았던 유우코와 재회한 뒤 행방이 묘연해져, 카즈히코의 여동생인 사가와 케이코가 연인인 타카기 히로시와 함께 오빠의 행방을 찾아 유우코의 저택에 찾아가면서 벌어지는 이야기.