일본의 전국시대. 요괴는 인간계를 점령하려 하고, 이들과 싸우는 닌자들이 있었다. 츠루히메를 필두로 하는 다섯명의 닌자들은 전설의 삼신장에게서 '봉인의 문'을 받아 그 안에 요괴의 총대장 누라리횬과 요괴에너지를 봉인 해낸다. 그로부터 400년 후, 전설적인 닌자 사루토비 사스케의 자손인 '사스케'와 키리가쿠레 사이조의 자손인 '사이조'는 닌자임을 숨기고 평범한 사람으로 위장하여 살아가고 있었다. 하지만 요괴 캇파의 계략에 속아 봉인의 문을 열어버려 수많은 요괴들이 부활해버리고 만다. 요괴 부활의 기운을 느낀 츠루히메 가문의 24대째 후속인 '츠루히메'는 또다른 닌자들의 후손 '세이카이'와 '지라이야'와 함께 사스케, 사이조와 대면한다. 이렇게 다시 결성된 봉인의 5닌자는 '닌자전대 카쿠레인저'라는 이름으로 요괴들의 봉인을 위해 싸우게 된다.

1억 7천만년 전, 공룡과 인간, 그리고 요정족이 함께 살던 시대. 악마에게 영혼을 판 반도라와 그 일당은 행성 네메시스에 봉인되지만, 지구가 빙하에 덮이자 공룡은 멸종되고, 요정족은 새롭게 진화된 인간과 함께 살게 된다. 그러나 네메시스에서 날아온 우주 왕복선 승무원들의 실수로 반도라가 다시 부활하여 지구를 노리게 되고, 고대 인류의 전사들이 이를 막기 위해 고군분투하는데...