가까운 미래, 인류는 제3의 에너지 혁명을 가져온 ‘시즈마 드라이브’의 발명에 의해 일찍이 없었던 번영의 시기를 맞이하였다. 어디 하나 쓰이지 않는 곳이 없는 시즈마 드라이브는 인류를 안락한 세상으로 인도하는 듯 했다. 하지만 세계최대의 시즈마 발전소 세인트 아바에가 완성되기 직전 시즈마 드라이브의 개발자 중 한사람인 시즈마 박사가 한 개의 샘플과 함께 국제경찰기구 엑스퍼트들에게 구출되는 일이 발생한다. BF단은 이 시즈마 드라이브를 장악하면서 세상을 손아귀에 넣겠다는 야욕을 불태우는 집단. 이 단체의 정점엔 빅 파이어(Big Fire)라는 정체불명의 사나이가 있고 ‘10걸집’이라는 일군의 초능력자들이 그를 보좌한다. 여기에 맞서는 국제경찰기구에는 엑스퍼트 ‘구대천왕’이 초인적인 전투를 편다. 거기에 12세 소년 쿠사마 다이사쿠가 조정하는 자이언트 로보는 과연 악인들로부터 세상을 구할 것인가.

2차 대전이 끝난 지 10년 후. 소년 탐정 가네다 쇼타로는 거대 로봇 철인 28호를 조종하며 범죄를 해결해 나가던 어느 날 자신이 그의 형이라고 주장하는 인물을 만나게 된다.

긴레이의 전투용 차이나 드레스가 사라졌다! 그리고 그 시각, 긴레이의 파괴공작에 분노한 알베르토가 긴레이의 제거를 명하는데...

"검시보고 사법 해부는 정밀과 엄중을 다한 결과 본 수형자가 루팡 본인이라는 사실은 의심할 바 없는 진실이다. 하지만, 그 사실을 믿으려 하지 않았던 남자가 있었다." 당연히 제니가타 경부는 과거의 경험에서 루팡이 죽을리가 없다며 그가 매장된 묘지를 향해, 유체를 확인한다. 관짝에 들어있던 루팡에게 말뚝을 박아 끝을 내려고 한 그 순간, 시체는 대폭발을 일으키며 어디선가 익숙한 특유의 웃음소리가 들려오는 것이었다. 루팡 3세였다. 루팡은 살아있었던 것이었다. 경악한 제니가타였지만, 사실 루팡 자신도 자신이 죽었다는 소문을 듣고, 그걸 확인하기 위해 온 것이었다. 제니가타를 살짝 놀려먹은(…) 루팡은 그대로 도망친다. 하지만, 루팡이 살아있다는 걸 확인한 제니가타는 "네 녀석의 뼈에 이 손으로 계명을 새겨주마!!" 라고 마음을 다잡으며 루팡 체포를 맹세하며 개전을 알리는 방아쇠를 당겼다.

도쿄를 중심으로 6건의 살인사건이 발생했다. 피해자들 옆에는 알파벳이 새겨진 6개의 마작패만이 남겨져 있다. 그리고 마지막 희생자가 남긴 한마디 “칠석, 교!” 사건의 진실을 밝히고 범인을 잡기 위한 특별 수사회의가 열리고 유명한 탐정과 코난은 수사회의에 참석하여 사건의 전모를 듣게 된다. 그러나 성별도, 직업도, 사는 곳도 다른 이들 6명의 피해자에게는 그 어떤 공통점도 없다! 사건은 해결의 실마리를 찾지 못하고 점점 미궁 속으로 빠져든다.