괌 부근에서 미군의 원자력 잠수함이 실종되는 사고가 일어났다. 구조대는 그곳에서 고지라를 목격하지만, 방위군은 고지라에 대한 대비를 소홀히 하며 낙관적인 자세를 견지하고 있었고, 50년전의 고지라 상륙시 양친을 잃은 타치바나 준장은 그런 방위군의 모습에 우려를 느꼈다. 같은 무렵, 일본 각지에서 괴수에 의한 것으로 보이는 괴사건이 일어난다. 우연히 이 사건에 말려든 마이너 방송 디지털Q의 기자 타치바나 준장의 딸, 유리는, ‘야마토 3성수’라고 하는 수호 괴수의 존재를 알게 된다. 고지라의 접근을 감지한 바라곤이 가장 먼저 깨어난다. 곧이어 고지라도 일본에 상륙해 나아간다. 바라곤은 하코네에서 고지라와 사투를 벌이지만 고지라의 압도적인 힘 앞에 바라곤은 쓰러져 버리고, 유리는 나머지 2대 성수의 부활을 믿으며 타치바나 준장이 지휘하는 방위군과 고지라의 최후 결전장인 요코하마로 향하게 된다, 바라곤에 이어 깨어난 모스라와 기도라도 고지라를 쫓아 요코하마로 향한다.

포코는 엄마인 마리아와 드로이드 군에게 쫓기던 도중 우연히 발견한 통로에 뛰어든다. 한편 노비타가 없는 사이 스네오는 통신판매기계를 만지는데, 그 결과 배달된 로봇으로 마을에까지 소란을 일으킨다. 그리고 로봇들 사이에는 시공을 뛰어넘은 포코도 끼어있었다. 도라에몽은 집에 돌아와 로봇들을 모두 반품을 시키지만, 엉뚱한 주사를 맞은 스네오의 개 로봇이 날뛰는 탓에 포코가 부상을 당하게 되는데...

데카레인저는 인간을 기계노예로 만드는 바이러스 '금색의 구름'을 유통하는 비밀 조직을 추적하고 있었다. 그 조직은 4인조 아리에나이저로 이루어진 '가스 드링커즈'였다. 밤중에 가스 드링커즈의 조사를 나선 반은 마리라는 이름의 여성과 만나게 된다. 마리는 레슬리 별에서 온 스페셜 폴리스로 지구에서 잠입조사 임무를 진행하는 중이었다. 마리의 말에 의하면 가스 드링커즈는 레슬리 별에 '금색의 구름'을 퍼트려 모든 주민을 기계노예로 변화 시켰지만, 가스 드링커즈가 그 백신을 가지고 있다고 한다. 그 말을 들은 반은 마리에게 협력해 백신을 되찾아려 한다.

민간 보안 조직 E.G.I.S.의 일원으로 일하는 쿠도 히로유키는 타이가, 타이타스, 후마라는 세 명의 울트라맨으로 변신할 수 있는 능력을 가지고 있었다. 수많은 적과의 싸움을 통해 더욱 깊어진 히로유키와 타이가 일행의 유대감. 하지만 그런 히로유키가 지금 누군가의 표적이 되고 있었다. 이 사실을 알게 된 신세대(뉴 제너레이션) 울트라맨들이 히로유키를 구하기 위해 속속 모여든다. 히카루, 쇼, 대지, 가이, 리쿠, 카츠미, 이사미--. 그리고 타이가의 아버지 울트라맨 타로우도 지구로 온다. 하지만 타로는 아들 타이가에게 격렬하게 덤벼든다. 도대체 타로우에게 무슨 일이 일어난 것일까? 그리고 타이가는 아버지와 싸울 수 있을까! ? 지금, 뉴 제너레이션 히어로즈가 거대한 어둠의 세력에 과감히 도전한다!

'납량 특집 방송! 귀신이 나온다는 흉가의 실체' 라는 여름 특집극 방송을 위해 일본 연예계의 호러퀸, 쿄코와 스탭들은 한적한 시골의 한주택을 찾는다. 그 집에서는 오래 전 남편이 아내를 무참히 살해하고, 남편도 집 근처 도로에서 시체로 발견되는 사건이 일어났었다. 이들 부부에게는 당시 6살이던 토시오라는 아이가 있었는데 이날 이후이 아이마저 행방불명이 되었고, 이 후 이 집에 다녀간 사람들은 누구나 수수께끼의 죽음을 맞이한다는 소문이 전해지고 있었다. 대낮인데도 불구하고 섬뜩한 기운이 감도는 가운데 촬영은 무사히 끝이 났고, 스탭들은 하나 둘 해산하게 되는데...