서기 2007년, 또 한 번의 외로운 생일을 맞이한 21살의 지로의 앞에 엉뚱하기 그지없는 여자가 등장한다. 생일 턱을 쏘겠다더니 음식 값도 안내고 튀질 않나, 도망가다 들어간 공연장을 쑥대밭으로 만들질 않나, 아무튼 하는 짓 모두가 엽기적이기 그지없다. 그렇게 영문도 모를 하룻밤을 보내고는 말도 없이 사라졌던 그녀가, 딱 1년 후 돌아온 생일에 다시 나타났다. 하지만 이 여자, 1년 전과는 사뭇 다르다. 말투는 까칠하기 짝이 없고, 주먹은 마징가Z의 친구인지 벽도 부순다. 정식으로 사귀기로 하고 동거까지 시작했지만, 뽀뽀를 해도 별 느낌이 없단다. 왜냐면, 지로의 여친은 사이보그니까.

쌍둥이 동생 대신 대학의 소립자 물리학 세미나에 참석하게 된 기이치는, 교수로부터 휴교 중인 천재 소녀 사라카를 데려오라는 지시를 받는다. 어쩔 수 없이 사라카의 집을 방문한 그는 그녀에게 "우주를 만들 수 있을까?"라는 궁극의 의문을 던지게 된다. 그 질문에 흥미를 느낀 사라카는 다음날 세미나에 나타나게 되는데...