따분한 게 질색인 아이, 이시다 쇼야. 간디가 어떤 사람인지, 인류의 진화과정이라든지, 알게뭐람. 어느 날 쇼야의 따분함을 앗아갈 전학생이 나타났다. 니시미야 쇼코. 그 아이는 귀가 들리지 않는다고 한다. 쇼야의 짓궂은 장난에도 늘, 생글생글 웃고만 있다. 짜증난다. 그의 괴롭힘에 쇼코는 결국 전학을 갔고, 이시다 쇼야는 외톨이가 되었다. 6년 후, 더 이상 이렇게 살아봐야 의미가 없음을 느낀 쇼야는 마지막으로 쇼코를 찾아간다. 처음으로 전해진 두 사람의 목소리. 두 사람의 만남이 교실을, 학교를, 그리고 쇼야의 인생, 쇼코의 인생을 바꾸기 시작한다.

소중한 동생을 지키는 대가로 요크 가문에 입성한 ‘이자벨라’. 더 이상 꿈도 희망도 없는 그녀의 앞에 나타난 자동 수기 인형, ‘바이올렛 에버가든’. 언니의 편지를 받고 C.H 우편사를 찾아온 ‘테일러’는 사람들에게 행복을 전하는 우편배달 일을 시작하고, ‘이자벨라’에게도 자신의 마음을 전하기 위해 ‘바이올렛’에게 대필을 부탁하는데…

거대한 전설을 넘어설 새로운 시대가 시작된다! 지켜야 하는 소중한 가치를 위해 닌자는 강해진다! 그리고 지금, 역대 최강! 사상 최대! 대격돌이 펼쳐진다! 오랜 세월에 걸친 전쟁이 끝나고 고도성장을 이룬 새 시대, 평화의 시대를 이끌고 있는 것은 전설이 된 7대 호카게 우즈마키 나루토다. 분신술로도 감당하지 못할 만큼 바쁜 나날을 보내는 중에 나뭇잎 마을에서는 다섯 마을 통합으로 개최되는 중급닌자 선발시험이 한창이다. 각 마을을 대표하는 3인 1조의 하급 닌자들! 사스케의 딸이자 나루토를 동경하는 사라다와 수수께끼를 지닌 우수한 닌자 미츠키, 그리고 재능을 갖췄으면서도 나루토를 망할 아빠 취급하는 보루토도 참가 중이다. 마을의 영웅이지만 너무나 바쁜 아버지가 늘 미웠던 보루토는 ‘나루토의 유일한 라이벌’인 사스케의 제자가 되어 아버지를 놀라게 하는데… 마지막 개인전이 치뤄지던 그 순간! 차크라콜렉터 모모시키와 킨시키가 나타나 나루토의 차크라를 노리며 공격해온다! 나루토는 필사의 각오로 사람들을 구하지만 모모시키의 술법에 이공간으로 사라지고 만다. 그제서야 아버지의 걸어온 길과 그 무게를 느낀 보루토는 스승인 사스케, 다섯 카게들과 아버지를 구하기 위한 길을 나선다!

어느 토요일 한때, 노도카와 치유, 히나타는 숙제를 끝낸 후 꽃놀이에 가려고 하는데 내일을 담당하는 정령 미라쿠룬이 어제를 담당하는 정령 리프레인에게 쫓기고 있는 것을 목격하게 된다. 세 사람은 프리큐어로 변신하여 미라쿠룬을 돕기 위해 싸우게 되고 허긋토! 프리큐어들과 스타☆ 트윙클 프리큐어들의 도움 덕에 어떻게든 위기를 모면한다. 하지만, 영원히 내일이 오지 않는 세상을 만드려고 계획하는 리프레인의 힘에 의해 시간이 되돌아가버려 프리큐어들은 영원히 내일이 오지 않는 오늘을 반복하는 세계에 갇혀버리고 만다. 오늘에서 탈출할 열쇠는 미라쿠룬 라이트! 프리큐어들은 서로 협력해서 미라쿠룬을 지키고 내일로 나아가기 위해 분투하게 된다.