울트라맨 ‘제로’는 전설적인 역대 울트라맨들을 도와 악의 울트라맨 ‘베리알’과 그의 괴수 군단에 맞서 가까스로 승리를 쟁취한다. 그러나 악의 울트라맨 ‘베리알’은 순순히 물러가지 않고 평행 우주 속 은하황제 ‘카이저 베리알’로 부활한다. 울트라 전사들에 대한 복수심에 불타던 ‘카이저 베리알’은 자신의 제국군을 앞 세워 전 은하계를 손아귀에 넣을 무시무시한 계획을 세운다. 이제 전 은하계를 지키기 위해 울트라맨 ‘제로’는 평행 우주로 넘어가 ‘카이저 베리알’의 은하제국에 맞서 필살의 대전쟁을 해야만 한다!

아버지로부터 학대를 당해 살아갈 희망을 잃고 실의에 빠져있던 여고생 '미이나' 앞에 수수께끼의 미녀 '레이'가 나타난다. '미이나'에게 자신은 살 가치가 없는 남자들을 죽여 그 피를 먹으며 생활한다고 고백하는 '레이'. '미이나'는 신비로운 '레이'에게 빠져드는데…

교토 포목점의 딸 치에코는 자신이 버려진 아이라는 사실에 고민하던 중 기온마츠리에서 자신과 꼭 닮은 여자, 나에코를 만나게 된다. 어릴 때 헤어진 여동생(?)이란 것을 알고 가까워져서 다가가지만 나에코는 치에코의 행복을 깨뜨릴까 두려워 거리를 둔다.