인류의 98%가 디바라는 전뇌세계에서 육체가 없이 살아가는 미래. 보안국 요원으로 활동하는 안젤라 발자크는 해킹을 통해 프론티어 세터라 자칭하며 제네시스 아크호를 타고 갈 우주여행 지원자를 모집하는 광고를 띄운 해커를 조사하게 된다. 안젤라는 지금은 황폐해진 지구로 가서 현지 안내인 딩고를 만나, 익숙하지 않은 실제 육체인 머티리얼 바디의 몸으로 프론티어 세터를 추적한다. 프론티어 세터를 따돌리기 위해 디바 네트워크와 연결도 끊고 착륙 지점에서 멀리 떨어진 제도로 이동한 안젤라와 딩고는 수년간 산화제를 사들인 프론티어 세터의 정체를 알아내게 되는데...

서기 2067년, 인간이 자아를 잃어버리고 흉표하게 변하게 되는 기이한 병 "바르 신드룸"이 널리 퍼진 은하 변경의 땅. 대항 수단으로 결성된 전술 음악 유닛 "발키리"는 "바르 신드롬"의 증상을 노래로 진정시키기 위해 별들을 돌아다니며 라이브 활동을 전개하고 있었다. 한편, "공중 기사단"이라 불리는 "바람의 왕국"의 발키리 부대가 움직이기 시작하고... 프로토컬쳐의 유산의 신비가 얽힌 성계를 뛰어넘는 뜨거운 팀워크와 사랑의 이야기가 막을 연다.

서기 2068년 은하변방 윈다미아 왕국과 신통합정부 사이에 벌어진 분쟁은 하야테와 미라주가 소속된 소대의 활약, 그리고 전술음악 유닛 왈큐레의 힘으로 진정됐다.왈큐레는 프레미아 고향 윈다미아에서 정전 기념 라이브를 개최하게 되는데….

눈이 계속 내리는 겨울 어느 밤, 히어로 사회를 파괴하려고 계획하는 시가라키 토무라가 인솔하는 빌런 연합과 그 움직임을 사전에 포착한 히어로들의 전투가 전개되는 가운데, 남모르게 조용히 꿈틀거리는 "뭔가"가 일어나고, 그 자리를 떠났다. 마침 이즈쿠 일행의 유에이 고교 히어로과 1학년 A반이 은퇴한 No.1 히어로 올마이트의 뒤를 이어 "차세대 영웅 육성 프로젝트"의 일환으로 학급 전원에서 기간 한정의 교외 히어로 활동을 위해 일본의 훨씬 남쪽에 위치한 외딴 섬 "나부 섬"을 찾았다. 얼마 전 큰 사건이 일어나지 않았던 평화로운 섬에서 이들은 주재 영웅으로서 섬사람들의 생활을 도우며 분주했고, 그러면서도 한가한 시간을 보내고 있었다. 그러나 그 정적을 부수듯이, 갑자기 빌런들이 나부 섬을 덮쳐, 차례차례로 섬의 시설을 파괴해 간다. 그들을 지휘하는 것은, "나인". 그날 밤, 눈을 뜬 "뭔가"그 자체였다. 이즈쿠와 바쿠고 등의 1학년 A반의 멤버는 힘을 모아 빌런에 맞선다! 과연 섬을 덮치는 나인의 목적이란!? 그리고 이즈쿠 일행의 1학년 A반의 "뉴 히어로"들은 이 가장 흉악한 빌런으로부터 섬의 사람들을 지킬 수 있을까!?

친애하는 길베르트 소령님, 오늘도 또 당신을 떠올리고 말았습니다. 무엇을 보든 무엇을 하든 당신이 떠오릅니다. 시간이 지나도 당신과 보냈던 기억은 선명하게 되살아납니다. 당신은 날 곁에 두었고 아무것도 모르는 제게 살아가는 방법을 가르쳐 주셨고 처음으로 사랑이라는 감정을 알려주셨습니다. 그래서 이렇게 또 편지를 쓰게 됩니다. -언젠가 이 편지가 당신에게 닿기를 바라며-

미래에서 온 패러독스 로이뮤드와의 사투 직후, '가족이나 인간이 지닌 특별한 감정'에 더욱 강한 흥미를 느끼기 시작한 체이스는 강도 사건을 저질렀던 로이뮤드 051과 다시 마주쳐 싸움을 벌이던 도중 우연히 현장에 있던 여성 히나코를 말려들게 하여 상처를 입혀버리고야 만다. 남동생 히로시와 둘이서 생활하는 히나코에게서 시지마 남매를 겹쳐본 체이스는 히나코 대신 히로시를 지켜주려하지만, 감정이 없는 탓에 섬뜩한 인상을 심어준 나머지 거절당해버린다. 이에 감정을 지닌 인간이 되고 싶다는 고뇌에 빠진 체이스의 앞에 '감정을 가진 로이뮤드와 인간이 공존하는 세상'을 만드려 하는 초진화태 로이뮤드 엔젤이 나타난다. 엔젤은 황금빛 날개를 이용한 능력으로 체이스에게 인간이 느끼는 감정을 주었고, 그리하여 특상과 일원들을 놀라게 할 정도로 변모한 체이스는 처음으로 싸우는 것 이외에도 감사 받을 수 있다는 기쁨을 알게 된다. 그러나 엔젤이 목표로 하는 세계는 하트나 브렌이 꿈꾸는 이상적인 로이뮤드의 세계와는 달라 인간이 된 체이스 자신을 번민케 만든다. 한편 051이 일으킨 사건을 뒤쫓아 도쿄 근처에 있는 마을과의 경계 지점으로 향한 신노스케 일행은 그곳에서 생각지도 못한 상대에게서 간섭을 받는다. 그 상대는 바로 후토시 초상범죄수사과의 테루이 형사였다.