사랑했던 연인 후지이 이츠키가 죽은 지 2년. 그의 약혼녀 와타나베 히로코는 여전히 그를 잊지 못하고 있다. 추모식 날, 히로코는 그의 중학교 졸업 앨범에서 지금은 이미 국도가 되어 버린 그의 중학교 시절 주소를 발견한다. 그리운 마음에 안부를 묻는 편지를 띄우는 히로코. 하지만 며칠 후, 후지이 이츠키로부터 거짓말처럼 답장이 날아오고, 히로코는 편지를 보낸 그 사람이 그와 같은 이름을 지닌 여자이며 그의 중학교 동창이라는 것을 알게 된다. 후지이는 히로코의 부탁으로 중학교 시절을 추억하고, 아름다웠던 중학교 시절의 이야기가 히로코에게 편지를 통해 들려진다.

직업을 구하는 중인 가네코 텟페이는 회사 면접을 보러 만원 전철을 탔다가 치한으로 몰려 현행범으로 체포되고 만다. 텟페이는 경찰 조사에서 혐의를 부인하고 억울함을 호소하지만 담당 형사는 자백하라는 추궁 뿐, 결국 구치소에 갇히고 만다. 구치소에서 생활하며 고독감과 초조함에 시달리는 텟페이. 검찰로 넘어간 텟페이는 담당 검사의 취조에서도 역시 무죄를 주장하지만 인정 받지 못해 결국 기소되고 만다. 형사 사건으로 기소되는 경우 재판에서 유죄 판결을 받을 확률은 99.9%라고 한다. 그런 텟페이를 변호하기 위해 나선 것이 베테랑 변호사인 아라카와 마사요시와 신참 여변호사인 스도 리코였다. 피해자와 같은 여성의 입장에서 치한범으로 고발된 용의자를 변호한다는 것을 꺼려하는 스도. 그러나 아라카와는 무고하게 치한범으로 재판에 회부된 사건이야말로 일본 형사재판의 문제점을 여실히 드러내는 지점이라면서 사건에 적극적으로 나서라고 재촉한다. 그리고 텟페이의 어머니 토요코와 친구 사이토 타츠오도 텟페이의 무고함을 믿고 행동을 시작한다. 얼마 후 모두가 지켜보는 가운데 재판이 열린다.

이시노모리 중학교 3학년으로 전학 온 아리스가와 데츠코(앨리스)는 ‘1년 전, 3학년 2반에서 유다가 4명의 유다에게 살해당했다’는 기묘한 소문을 듣는다. 게다가 앨리스가 이사 온 옆집은 ‘꽃의 저택’이라고 불리는 어쩐지 소름 끼치는 곳! 꽃의 저택에 사는 동급생이자 1년째 등교를 거부하고 있는 아라이 하나(하나)라면 유다 사건에 대해 잘 알 거라는 얘기를 들은 앨리스는 옆집에 잠입하는데… 유다는 정말 살해당했을까? 하나는 왜 계속 숨어서 외톨이로 지내는 것일까? 두 소녀가 펼치는 ‘세상에서 가장 작은 살인사건’의 수수께끼를 푸는 모험이, 지금 시작된다!