세계 최강의 포켓몬을 만들겠다는 생각을 한 과학자들은 뮤의 머리카락으로 뮤츠라는 복제를 만들어낸다. 그러나 뮤츠는 뮤와는 달리 흉폭한 성격으로 인간들을 증오하는 마음을 가지고 있다. 또한 자신을 이용하여 세계를 정복하려는 로켓단의 두목을 뒤로 하고 뉴아일랜드 성으로 향한다. 스스로 가장 강한 포켓몬 트레이너라고 칭하던 뮤츠는 다른 트레이너들의 포켓몬들을 납치하여 원래의 포켓몬보다 뛰어난 실력을 가진 복제 포켓몬을 만들어내는데...

도쿄에서 태어나고 자란 탓에 농촌에 대한 동경을 가지고 있는 오카지마 타에코는 10일간의 여름 휴가를 이용해 형부의 고향인 야마가타로 여름휴가를 떠난다. 회사원 생활을 그만두고 귀농한 청년 토시오가 그녀를 마중 나간다. 그는 타에코에게 농촌의 모든 것을 가르쳐준다. 타에코는 그 곳 사람들과 어울리며 되살아나는 초등학교 5학년 때의 추억에 잠긴다. 돌아가기 하루 전 할머니에게 토시오와의 결혼을 제의 받고 혼란에 빠진 타에코는 토시오에게 그녀의 자의식이 막고 있던 어린 시절의 추억들에 대해 이야기한다. 돌아오는 기차 안에서 타에코는 자신이 진정 함께 있고 싶은 곳, 정말로 원하는 것이 무엇인지에 대해 생각하는데...

중학교 3학년 시즈쿠는 평소 책을 많이 읽는 소녀. 여름방학, 매번 도서카드에서 먼저 책을 빌려간 세이지란 이름을 발견하고 호기심을 갖는다. 어느 날 지하철 안에서 혼자 탄 고양이를 보게 된다. 신기하게 여긴 시즈쿠는 고양이를 따라가다 골동품 가게에 들어가게 되고, 그곳에서 주인 할아버지와 손자를 보게 된다. 그 손자는 다름 아닌 아마사와 세이지, 사춘기의 두 사람은 점차 서로의 사랑에 대해 알게 된다. 시즈쿠는 바이올린 장인을 자신의 장래로 확실히 정한 세이지를 보면서 자신의 꿈과 미래를 진지하게 고민하게 된다. 그 후 이탈리아 연수를 간 세이지가 돌아올 때 까지 작가가 되고자 도전해 보기로 하는데...

가이아라고 불리는 세계에 떨어진 한 소녀의 이야기.. 이 행성의 밤하늘에선 지구를 볼 수 있다. 블랙드래곤 족들은 이 행성을 자신들이 정복하여 통치하기 위해 다른 영토를 침공하기 시작한다. 블랙드래곤 족들에 의해 멸망당한 한 나라의 젊은 왕자인 반은 이 침공에 맞서 하얀 날개 드래곤의 후예로써 블랙 드래곤에 대항하여 가이아를 구하려고 한다. 반은 이웃나라의 통치자인 아바하라키왕의 보호를 받게 되지만 그는 또한 블랙드래곤과 동맹을 맺고 있다. 반은 완전히 고립되었고 외톨이가 되었다.그리고 아무도 그의 마음을 열수 없다. 이때, 블랙드래곤족은 가공할 힘을 지닌 무기를 찾는다. 그들은 가이아의 모든것을 불태워 버릴수 있다는 고대 전쟁에 쓰였던 드래곤 아머(ARMOR)를 찾으려고 하는 것이다. 블랙드래곤의 계획은 이 강력한 무기를 부활시키는 것이다. 이것을 알게된 아바하라키는 블랙드래곤족이 뛰어난 이 힘을 얻는 것을 방해하기 위해 공격을 시도한다. 한편,지구에서는... 히토미는 그녀의 가장 친한 친구에게 상처를 주고 헤어지게 만든 자신의 태도에 스스로 실망하여 세상에서 사라지고 싶어한다. 히토미는 이일로 상처받고 자신의 삶에 대한 의지조차 잃게 되었다. "차라리 없어져 버리는게 좋겠어..난.." 마치 그녀의 기도에 응답하듯이 신비한 힘이 히토미를 가이아로 인도한다. 히토미는 과연 이 이상한 세계를 보게 될것인가? 모든것의 멸망 혹은 재생을 보게 될까? 그녀는 자신이 가이아의 운명의 열쇠라는 것을 모르고 있다. 바로 이때,가이아의 운명을 쥔 또 하나의 열쇠인 전설의 드래곤 아머 에스카플로네가 반 앞에서 부활한다. 전설의 하얀 드래곤 아머(ARMOR).. 그것의 이름은 에스카플로네....

최고의 포켓몬 트레이너만을 초대하는 의문의 카드를 받게 된 지우와 친구들은 거센 폭풍우를 뚫고 포켓몬성으로 향한다. 하지만 그곳에서 그들을 기다리는 건, 인간에 대한 역습을 선언한 강력한 전설의 포켓몬 뮤츠. 뮤츠는 복제 포켓몬을 만들어 포켓몬 트레이너들에게 공격을 시작하고, 때마침 나타난 환상의 포켓몬 뮤와 함께 지우와 친구들은 운명을 건 피할 수 없는 대결을 시작하는데…

오렌지제도를 여행하던 지우 일행. 그들 앞에 의문의 수집가 「라단」이 나타나 불의 신이라고 불리는 「특별한 파이어」를 붙잡아 버린다. 그것이 원인이 되어 자연계의 균형은 망가지고, 세계에는 천재지변이 일어나기 시작한다. 지우 일행은 세계를 구할 수 있을 것인가... 그리고 이 순간에 나타난 환상의 포켓몬 「루기아」는 과연 적인가 아군인가?!

여행 중, 포켓몬 트레이너 「린」을 만난 지우 일행은 시합으로 지친 포켓몬을 쉬게 하려고 가장 가까운 포켓몬센터가 있는 마을로 향한다. 마을의 이름은 그린필드. 마음에 평안을 주는 녹색의 리조트 지대였을 터이지만... 그린필드 거대한 집에서 혼자 살고 있는 소녀 「미이」. 어느 날 밤 행방불명 된 아버지 「쉬리」가 남긴 기묘한 문자의 카드를 나열하던 것이 계기가 되어, 수수께끼의 포켓몬 「안농」이 나타난다. 그리고 그린필드는 순식간에 결정으로 뒤덮여간다. 그 때 갑작스런 결정화에 놀라는 지우 일행 앞에 나타난 것은 전설의 포켓몬 「앤테이」. 어째선지 앤테이는 지우의 엄마를 결정탑으로 데려가버린다. 앤테이를 아빠라고 부르는 미이였지만, 과연 쉬리는 앤테이가 되어버린 것일까? 지우는 엄마를 데려올 수 있을까? 사랑과 용기와 가족의 유대를 그린 포켓몬 어드벤처!

세레비와 시간을 뛰어넘은 용호는 40년 후의 세계에서 지우 일행과 만나게 된다. 하지만 로켓단 사상 최강의 남자 「비셔스」가 세계정복을 위해 세레비를 노리고 습격해온다. 지우 일행은 과연 세레비와 숲을 구할 수 있을 것인가!?

세계에서 가장 아름답다고 불리우는 물의 도시 「아르트말레이」. 거기서 지우 일행은 신비한 기술을 지닌 포켓몬 「라티아스」, 「라티오스」와 만난다. 「라티오스」는 오빠, 「라티아스」는 여동생. 사이가 좋은 오누이로 이 마을의 비보 「마음의 물방울」을 지키고 있다. 비보를 노리고 나타난 괴도 자매 「잔느」와 「리온」. 이 두 괴도자매가 일으킨 사건에 휘말리는 지우와 피카츄 일행. 숨겨진 봉인이 풀릴 때 마을은 큰 수해를 입는다. 빼앗긴 「마음의 물방울」을 되찾기 위해 지우와 피카츄가 물의 도시를 달려나간다.

우리는 알고 있다. 이 밖에는 더 넓은 세계가 있다는 것을.... 인간의 손길이 닿지 않은 땅에서 뮤츠와 복제 포켓몬들은 조용히 살고 있었다. 그러나 뮤츠를 찾고 있던 비주기는 뮤츠가 있는 곳을 알아내고, 비밀리에 어느 계획을 진행한다. 그 계획에 지우와 친구들도 말려들게 되고, 뮤츠와 복제 포켓몬들의 운명을 건 장렬한 배틀이 지금 시작된다.

지난 4년 동안 오만불손한 행동으로 도의 행정을 망쳤으니 천벌을 받아 마땅하다! 도지사 앞으로 익명의 협박 편지가 도착하고 그 후 대도심 한 복판에서의 폭탄 테러가 발생한다! 코난의 기지로 폭파 15초를 남겨두고 대참사를 막게 된다. 이 사건으로 인해 코난은 더 큰 참사가 발생할 것이라는 것을 예견하고 도지사 참석 예정인, 이전 5주년 기념식이 준비 되고 있는 북촌 마을을 찾아간다. 그 곳에서 만난 8년 만에 모인 북촌 마을 동창생 5명, 그들이 서로 얽혀있는 8년 전 뺑소니 교통 사고 등 수상한 과거의 사건들을 되짚어 가는 도중에 수수께끼 같은 설원 속 살인 사건이 발생한다. 범인을 밝혀내기도 전에 북촌댐 폭파 테러라는 또 다른 위기가 찾아오고, 코난은 다시 한 번 대 참사의 위기에 맞서게 되는데…

진구와 도라에몽은 비밀 도구 “가공수면펌프”가 만든 ‘가공수’로 동네를 바다로 만들어 버리고, 물고기들과 함께 즐거운 시간을 보낸다. 그 곳에 우연히 5천년 전 지구로 온 인어족 공주 소피아가 길을 잃고 들어오게 되면서, 진구 일행은 소피아 공주와 함께 즐거운 바다 속 여행을 떠나는데…