1992년 유엔 G센터에서 개발된 메카고지라는 고지라와 싸웠지만 패배했다. 6500만 년 전 알에서 태어난 베이비 고지라를 미끼로 고지라를 유인하려 했지만, 라돈의 습격으로 실패했다. 결국 고지라에게 베이비를 돌려주자 고지라는 파괴를 멈추고 베이비를 데리고 바다로 갔다.

가메라와 갸오스의 싸움(1편)으로 부모를 잃은 중학생 아야나는 가메라를 증오하며 살아가던 중, 마을에 전해 내려오던 전설의 괴수를 만나 ‘이리스’라는 이름을 지어주고 보살핀다. 그러나 ‘이리스’는 아야나의 바람과 달리 점점 거대해지면서 사람들을 공격하고 도시를 파괴하기에 이른다. 이를 저지하기 위해 나타난 가메라! 이제 가메라와 ‘이리스’의 격렬한 사투가 펼쳐진다!

1910년경 상해. 각 열강들의 이권 싸움으로 극심한 혼란 상태였던 상해에는 학사권의 창시자인 곽원갑의 '정무관'과 일본 공수도의 본거지인 '홍구도장'이 대립을 하고 있었다. 공수도의 고수인 개천용일은 학원갑에게 결투를 신청하고 독약이 든 약을 먹여 살해를 당한다. 학사권의 수제자인 진진(이연걸 분)은 일본 유학을 도중에 포기하고 상해로 달려오지만 사부는 이미 적에 손에 독살된 것을 알았으나 홍구도장에서는 개천용인을 살해하고 그 혐의를 진진에게 덮어씌우려고 한다. 진진은 모략에 빠져 그의 결백을 증명할 길이 없었다. 그러나 뜻밖에도 진진의 일본 친구인 미찌꼬가 법정에서 사건당일 같이 있었다고 위증을 하여 극적으로 풀려난다. 진진은 몰락해 가는 정무관을 다시 일으켜 세우려고 하는데...

일본 근해에서 원자폭탄의 원료인 플루토늄 운반선 카이류마루호가 기이한 산호에 걸려 좌초되는 일이 발생하고 하슈 해양보험사의 쿠사나기와 해상 보안청 순시선의 일등항해사 요네모리가 사건의 수사에 착수한다. 산호는 길이 60미터에 넓이가 45미터나 되는 것으로 조사팀은 산호 내부에서 이상한 모양의 금속조각과 고대 글자가 새겨진 비문을 발견한다. 순간, 산호는 움직이기 시작하고 자취를 감춘다. 이와 동시에 고토 군도의 외딴섬에서 희귀새를 연구하던 한 교수가 실종되는 사건이 일어나고, 교수를 찾기 위해 섬에 도착한 조류학자 나가미네와 경찰들은 처참하게 변해버린 섬을 보고 넋을 잃는다. 사건을 조사하던 그들은 교수와 마을을 습격한 것으로 추정되는 약 15미터 크기의 거대한 새의 자취를 발견하고, 이 새들에 대한 보고를 들은 정부는 희귀 동물 보호차원에서 이들을 생포할 계획을 세운다. 나가미네는 이 새들이 빛에 약하다는 사실을 알아내고 돔구장인 후쿠오카 야구장에 덫을 놓아 새들을 잡기로 한다. 희귀새 생포 작전은 성공을 눈앞에 두고 방위사령부의 실수로 실패하게 되는데, 이때 갑자기 바다에서 나타난 거북 모양의 거대한 생명체가 불을 뿜으며 새들을 공격한 후, 도망치는 이들을 쫓아 바다 너머로 사라진다. 쿠사나기는 산호에 박혀있던 비문의 글자들을 해독하고, 바다괴물은 가메라였으며 그 커다란 새들은 비정상적인 생식능력을 가진 가오스임을 알게 되는데..

어렸을 때 사고로 부모를 잃고, 삼촌 손에 자란 ‘고구레’는 '무서워', '무리'라는 말을 입에 달고 사는 겁쟁이 여고생이다. 하지만 고등학교 입학식 첫날부터 신입생과 2학년의 싸움에 말려들고 만다. 그 신입생의 정체는 빨간 머리에 날카로운 눈빛을 가진 문제아 ‘오니세’. 방과 후, 체육관 뒤로 오라는 ‘오니세’의 호출을 받고 체육관으로 향한 ‘고구레’는 ‘오니세’로부터 결혼을 전제로 사귀자는 프러포즈를 받는다. ‘오니세’가 무서워 할 수 없이 사귀게 된 ‘고구레’는 처음엔 ‘오니세’의 행동 하나하나에 벌벌 떨지만, ‘오니세’의 다정하고 순수한 반전 모습에 점점 마음을 열어가는데… 문제아 소년과 소심한 여고생의 달콤한 첫사랑은 이뤄질 수 있을까?