명쾌한 추리와 시원한 액션으로 사건을 해결했던 코난. 이번에는 세계 최대 비행선에서 벌어지는 사건에 휘말리게 된다. 살인 박테리아로 위협하는 테러리스트 조직 ‘붉은 샴고양이’. 보석을 훔치며 코난과 두뇌대결을 펼치는 ‘괴도키드’. ‘붉은 샴고양이’가 진짜 노리는 것은? ‘괴도키드’가 훔치는 것은 보석? 아니면 미란이의 마음? 스릴 넘치는 액션과 반전이 거듭되는 운명의 삼각대결!

팔극정권을 수중에 넣으려는 기스 하워드는 오의 비전서를 가직 달아나고 전승자 제프 보가드까지 살해한다. 제프 보가드의 두 양아들 테리와 앤디는 아버지의 죽음에 분노하여 복수를 다짐한다. 팔극정권의 텅 푸르는 두사람에게 10년간 수련하여 훌륭한 성장을 보인 이를 팔극정권의 후계자 임명하겠다 말하고, 세사람은 수행의 길을 떠난다. 약속된 10년 후, 사우스타운에 돌아온 테리는 릴리 맥가이어, 죠 히가시와 만나 앤디와도 재회한다. 테리, 앤디, 죠는 기스가 주최하는 격투대회 '킹 오브 파이터즈'에 참가해 기스에게 접근하려 한다. 하지만 이들의 계획을 이미 알고 있는 기스는 보가드 형제를 암살할 흉계를 꾸미는데...

전국대회 예선전 대전상대로 만난 진무고교. 진무의 슈팅가드 오대일이 전반 내내 상북을 압박해온다. 한편 3게임 연속퇴장에 무득점을 기록하고 있는 불운의 천재 강백호! 과연 그는 이번에도 연속퇴장 기록을 경신할 것인가?!

버독은 프리저의 명령에 따라 동료 넷과 함께 행성 카낫사를 침공하여 멸망시킨 후 쉬고 있다가 최후로 살아남은 카낫사인 토오로에게 기습당한 후 일종의 예지 능력을 얻게 된다. 토오로는 버독에게 '네게 미래를 볼 수 있는 환상의 주먹을 날렸다', '너희들은 우리들처럼 멸망할 운명이다'라는 말을 남기며 버독 일행의 공격을 받고 쓰러졌다. 그 직후 갑자기 버독은 머리에 통증을 느끼며 쓰러진다. 그 후 회복장치 속에서 치료를 받으며 계속 행성 베지터가 멸망하는 미래와 아직 갓난아기인 자기 아들 카카로트의 미래를 보게 된다. 본인은 그 의미도 잘 이해하지 못하고 그냥 이상한 꿈 정도로 여기고 있다가 앞서 동료들이 정벌하러 간 미트 별로 따라갔다가 동료들의 죽음을 목도하고 거기서 아직 살아남은 토마로부터 프리저가 사이어인을 말살시키려고 한다는 것을 알게 되는데...