성 밖 늪지대에 사는 엄청나게 못생기고 무지무지 큰 괴물 슈렉. 지저분한 진흙으로 샤워를 즐기고 동화책은 화장실 휴지 삼아 쓰는 그는 혼자만의 시간을 즐긴다. 그러던 어느 날, 자신만의 고요한 안식처에 백설공주, 신데렐라, 빗자루를 타고 다니는 마녀, 피리부는 아저씨, 피터팬, 피노키오 등등.. 동화속의 주인공들이 모두 쳐들어온다. 그 중에서도 가장 귀찮은 건 쉴새없이 떠들어대는 당나귀 덩키. 알고보니 얼굴이 몸의 반을 차지하는 1m도 안되는 숏다리 파콰드영주가 동화속의 주인공들을 다 쫓아낸것. 결국 슈렉은 파콰드영주와 담판을 지으러 떠난다. 하지만 일은 이상하게 꼬여 결국 파콰드영주 대신 불뿜는 용의 성에 갇힌 피오나 공주를 구하러 떠나게 되는데..

용감하지만 사고뭉치 꿀벌인 ‘배리’는 평생 꿀만 만들며 반복되는 삶을 살아야 한다는 꿀벌의 운명에 회의를 느끼고, 벌집 밖으로의 위험한 여정을 강행한다. 얼굴만큼 마음도 예쁜 꽃집 아가씨 ‘바네사’를 만나 위험천만 인간세상에서 구사일생으로 목숨을 건진 배리는 꿀벌 세계의 규율을 어기고 그녀와 대화를 시도, 친구가 된다. 꿀벌 세상과 친구들의 충고도 뒤로 한 채 바네사와 함께 그 동안 알지 못했던 바깥세상의 재미를 배워가던 배리의 즐거운 시간도 잠시, 우연히 꿀벌이 힘들게 만들어 놓은 꿀을 인간들이 공짜로 먹고 있다는 사실을 알게 되고, 바네사와 함께 그들만의 ‘꿀’을 되찾아 오기 위한 인간들과의 전쟁을 선포하게 되는데..