알 수 없는 사건으로 현실이 뒤바뀌고 외계인의 공격으로 위험에 빠진 지구. 게다가 MIB 소속 베테랑 요원 ‘케이(토미 리 존스)’는 하룻밤 사이에 감쪽같이 사라진다. 모든 것을 원래대로 되돌릴 수 있는 사건의 열쇠를 쥐고 있는 유일한 사람은 ‘케이’뿐인데… 사라진 파트너를 찾고 그동안 감춰졌던 우주의 비밀을 캐내기 위해 ‘제이(윌 스미스)’요원은 과거로 위험한 시간여행을 떠나게 되고, 그 곳에서 심하게 젊은(?) ‘케이(조쉬 브롤린)’와 마주하게 된다. 이제 이 둘은 24시간 안에 우주의 비밀을 풀고 현재로 돌아와야만 하는 MIB 사상 최고의 미션에 도전하게 되는데!

앨런 브라운 감독이 윌리엄 셰익스피어의 로미오와 줄리엣을 퀴어 테마 로맨스로 각색했다. 맥켄리 밀리터리 아카데미라는 남학생 사관 학교를 바탕으로 학생들이 연극처럼 연기한다. 두 사관 생도 사이에서 피어나는 사랑과 '묻지도, 말하지도 말라'는 미군 내부정책을 비판하는 풍자를 띄고 있다. (영화 제작 후 정책은 폐지 되었다.)