전차를 사용한 무도 「전차도」가 화도나 다도와 함께 구식 일본여성의 더해 수준으로 되어 있는 세계. 현립 오오아라이 여자 학원에 전학생 니시즈미가 왔다. 하지만 학생회장에 불려 가 필수 선택 과목으로 전차도를 선택해, 전차도 전국 대회에 출장하도록 강요 당하게 된다. 게다가, 모인 멤버는 개성파뿐. 화도 당주의 딸인 이스즈 하나, 사랑에 사랑하는 타케베 사오리, 전차 매니아 아키야마 ,스구루 아침에 약한 우등생의 레이제이 마코. 친구와 보통의 여고생활을 꿈꾸는 자그마한 소원은 실현되는 것인가?

이제 곧 중학교 2학년이 되는 아사히나 미라이는 봄방학의 어느날 밤 하늘에서 수수께끼의 물체가 가까운 공원에 떨어지는 것을 목격한다. '어쩌면 마법사일지도!'라고 기대하여 가슴이 부푼 미라이는 다음날 아침, 두근두근 대면서 어린시절부터 계속 귀여워하는 인형 모후룬과 함께 공원에 향한다. 그랬더니 그곳에서 눈에 보인 것은... 빗자루에 걸터앉아 떠있는 여자아이! 자신은 리코라고 하는 여자아이는 마법사!! 미라이는 마법사에게 흥미진진하여 리코에게 질문공세를 한다. 리코는 어떤 물건을 찾으러 미라이가 사는 세계에 왔다고 한다. 게다가 잘 보면 두사람은 닮은 팬던트를 하고 있는데... 그러던 중에 어둠의 마법사 ' 도쿠로크시의 동료'밧티'가 두사람의 앞에 나타난다! '링클스톤 에메랄드'를 넘기라고 리코를 압박하지만, 리코도 링클스톤 에메랄드를 찾고있는것 같다. 밧티의 어둠의 마법으로 태어난 괴물 '요쿠발('욕심부리다'라는 요쿠바루에서 나온듯합니다)'에게 궁지에 몰린 때, 미라이와 리코 그리고 모후룬이 손을 잡고 마법의 말'큐압푸라파라'라 외치자 팬던트가 광채가 난다. 그리고 전설의 마법사 '프리큐어'가 탄생한다!!

나는 우사미 이치카! 스위츠를 진짜 진짜 진짜 좋아하는 중학교 2학년! 해외에서 일하는 엄마가 돌아오실거란 말을 듣고 쇼트 케이크 만들기에 도전 중이던 그 때... “배가 꼬륵꼬륵 페코~~!” 페코링이라는 요정이 갑자기 하늘에서 떨어져와서 깜짝 놀랐어! 하지만 그것뿐만이 아니야. 크림이 갑자기 폭발하질 않나 케이크를 도둑맞질 않나... 거리에서도 이상한 사건이 많이 일어났어...! 게다가 범인은 이상한 괴물!? 스위츠에 담긴 에너지인 '키라키라루'를 빼내고 차례차례 스위츠를 새카맣게 만들어 버렸어! 물론 내가 만든 케이크는 그렇게 되지 않을 거야! 왜냐하면 엄마를 '정말 좋아하는 마음'이 담긴 소중한 거니까... 우사미 이치카표 특제! 토끼 쇼트 케이크를 완성해낸 그때, 내가 전설의 파티시에 프리큐어로 변신?! 이렇게 된 이상! 이 우사미 이치카, 다시말해 큐어 휩이 마음이 담겨있는 소중한 스위츠들을 지켜내보이겠어!!

수상쩍은 버스 투어에서 만나게 된 30명의 젊은 남녀. 투어의 목적지는 '나나키무라'라고 불리는, 존재하는지도 확실하지 않은 환상의 마을. 나나키무라에서는 현실에 굴레에 얽매이지 않고 유토피아같은 생활이 가능하다..라는 도시전설 같은 소문이 돌고 있다. 현실에 절망했어... 따분한 일상에서 벗어나고 싶어... 인생을 다시 살고 싶어... 제각각의 의도나 마음의 상처를 안고 있는 30명을 태운 채로 버스는 산 속 깊은 곳까지 들어간다. 그리고 30명이 도착한 곳은 망해가고 있지만 희미하게 생활의 흔적이 남아있는 무인 취락이었다.

멋진 어른이 되고 싶은 중학교 2학년 노노 하나. 앞머리를 너무 자르고 지각하고 전학 첫날부터 대실패. 하지만 뭔가 멋진 만남도 있었으며 내일부터의 나날에 가슴 부풀고 있는 중. 하늘에서 내려온 이상한 아기 허그땅과 햄스터 해리와 만난다. 크라이아스 사라는 악의 조직이 허그땅이 가진 미라이 크리스탈을 노리고 나타나 괴물을 보내며 덮쳐온다. 허그땅을 지키고 싶어! 라는 하나의 강한 마음에 의해 새로운 미라이 크리스탈이 만들어지고 하나는 활력의 프리큐어 큐어 옐로 변신한다. 미라이 크리스탈이란 이 세계에 넘쳐흐르는 내일을 만드는 힘 어스 파워의 결정. 이것을 빼앗긴다면 모두의 미래가 없어진다. 모두의 미래 그리고 허그땅, 소중한 것들을 지키기 위한 큐어 옐의 이야기가 지금 막을 올린다.