캘리포니아에 위치한 군사기밀 연구소에서 우연한 사고로 치명적인 바이러스가 유출되고 만다. 이 위험스런 상황을 피하기위해 '카피온'이라는 전위병이 그의 아내와 아이를 데리고 그곳에서 도망쳐 나온다. 그는 정부의 추적을 피하기위해 대륙을 가로질러 도망치는데,그의 이동에 따라 보이지않는 죽음이 점차 펴져가기 시작한다. 그러나 그와 가족은 얼마지나지 않아서, 이 바이러스의 처참한 희생자로 죽게되고, 그를 발견한 사람들도 머르는 사이에 감염이 된다. 그들의 목은 부어오르고 검게 변했으며, 콧속은 점막으로 가득차게 된다. 점차, 이 균은 기침이나 악수, 그밖의 우연한 접촉을통해 전세계적으로 퍼져나가고, 전 인류는 죽음의 도가니에 몰리게 되는데. 그러나 정부는, 진실을 밝히려는 노력보다는 무조건 이 사건을 은폐하려는 태도로 일관한다. 이 끔찍스런 죽음의 현장에서 살아남은 생존자들은 또다른 생존자들을 찾아나선다. 자신들이 왜 예외적으로 살아남았는지는 알지못한 채. 21살의 프래니 골드스미스는 주위의 사람들이 죽어가는 것을 자세히 목격해왔으며, 자신과는 별로 친하지 않았던 개성강한 아웃 사이더인 해롤드 라우더도 생존해 있음을 알게 되어 이 두 사람은 함께 여행하기로 결정한다. 한편 뉴욕의 록가수인 래리 언더우드는 이기적이고, 자기만족이며 자기자신만을 챙기는 성격의 소유자였다. 그러나 그도 이 균에 의해 어머니를 잃었고, 새로운 현실에 적응해야만 했다. 길을 따라 떠돌아다니던 그는 우연히 신비스럽고,아름다운 나딘 크로스라는 여인을 만나게 된다. 그녀는 거부할 수 없는 성적매력이 존재했으나 놀랍게도 나딘은 처녀로 그와 동침하기를 강력히 거부하는데...

LA 국제공항에서 붉은 눈이란 이름을 가진 항공기가 보스톤을 향해 이륙한다. 붉은 눈은 미국 중부를 통과하다 오로라를 만나게 되고 오로라를 통해 공간이동을 하게 되는데... 비행기가 그 이상한 공간을 날고 있을때 잠이 들었던 승객 열명은 깨어난다. 그러나 자신들을 제외한 승객들은 사라지고 빈자리만 남아있다. 승무원들도 어디론가 사라졌는데. 그러나 비행기는 엉뚱하게도 동남아 상공을 날고 있었다. 기장은 동요하는 남아있는 승객들을 안정시키며 비행기를 가까운 방콕 공항에 착륙시키는데 성공하지만 공항은 쥐새끼 한마리 얼씬하지 않고 고요에 싸여있다. 장님 아이와 엄마, 정신질환에 시달리고 있는 한 중년 신사, 배꼽티의 젊은 아가씨 등 열명의 승객은 각자 다른 이유로 보스턴으로 날아가는 길이었다. 상황은 점점 악화되고 게다가 승객들 사이에서는 서로 의견 충돌로 마찰을 빚는다. 승객들과 기장은 공항 주변을 돌아보지만 거기엔 아무도 없다. 새소리 하나 없고 바람소리조차 들리지 않는 정적만이 남아있다. 갑자기 하늘에서 커다란 입이 나타나 공간을 조금씩 갉아내며 먹는데.